大口鳒Psettodes erumei線粒體全序列的研究和鰈形目魚類系統(tǒng)進(jìn)化分析.pdf

1、本研究測(cè)定大口鰈(Psettodes erumel)線粒體基因組全序列，其長(zhǎng)度為17，315bp，共包含22種tRNA基因、2個(gè)rRNA基因、13個(gè)蛋白編碼基因和2個(gè)非編碼區(qū)。各基因在線粒體上的排列位置，與脊椎動(dòng)物共有的基因次序相同，其中L鏈僅編碼8個(gè)tRNA和ND6基因。 分析大口鳒基因組及各基因片段的堿基組成，整體來(lái)說(shuō)A+T的含量大于G+C。tRNA和rRNA基因堿基組成偏倚較小，蛋白質(zhì)編碼基因呈現(xiàn)顯著的反G偏倚，且主要表現(xiàn)

2、在第三個(gè)密碼子上。以L鏈為計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)GC-skew=-0.32，AT-skew=0.08，符合脊椎動(dòng)物的GC偏倚。 分析大口鳒各基因的序列特征：tRNA長(zhǎng)度變異主要為插入和缺失；蛋白編碼基因除COI和COIII分別以GTG和CAC為起始密碼子外，其余11個(gè)基因的起始密碼子都為標(biāo)準(zhǔn)起始密碼子ATG。終止密碼子除TAA、TAG及它們相對(duì)應(yīng)的不完全終止密碼子T、TA外，ND1以AGG做為終止密碼子，這種現(xiàn)象在魚類中較少見(jiàn)；22個(gè)tRNA

3、中，tRNAscan-SE只識(shí)別出21個(gè)tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)，tRNA-Ser(GCT)則是用軟件RNAstructure4.5識(shí)別出其不規(guī)則的三葉草結(jié)構(gòu)。在tRNA基因的二級(jí)結(jié)構(gòu)中，堿基數(shù)目的變異主要存在于DHU環(huán)，而非配對(duì)堿基對(duì)主要存在于接受臂中；分析10中鰈形目魚類的輕鏈起始復(fù)制區(qū)(OL)的堿基組成和結(jié)構(gòu)，大口鰈的A+T含量最少，僅為16.9％，牙鲆次之為36.5％，而其他種類均高于50％。同時(shí)在鰈形目魚類中，OL具有典型的“ste

4、m-loop”結(jié)構(gòu)，莖區(qū)結(jié)構(gòu)較保守。 設(shè)計(jì)兩對(duì)引物擴(kuò)增大口鳒左眼型和右眼型兩個(gè)個(gè)體的控制區(qū)序列。兩個(gè)個(gè)體均在5’端存在相同的56bp重復(fù)單元，3’端存在相同的8bp重復(fù)單元，只是重復(fù)數(shù)不同；左眼型個(gè)體在5’端有三個(gè)單倍型，重復(fù)次數(shù)分別為5.7；7.7；8.7；在3’端有兩個(gè)單倍型，重復(fù)次數(shù)分別為8和23。右眼型個(gè)體在5’端有三個(gè)單倍型，重復(fù)次數(shù)分別為3.7；7.7；8.7。在3’端有兩個(gè)單倍型，重復(fù)次數(shù)分別為6和25。同時(shí)通過(guò)與

5、其它鰈形目魚類比較，標(biāo)識(shí)出大口鳒控制區(qū)結(jié)構(gòu)：終止相關(guān)序列(TAS)、中央保守區(qū)序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D)，保守序列區(qū)序列(CSB-1、CSB-2、CSB-3)。比較8種鰈形目魚類控制區(qū)全序列和只含有單拷貝重復(fù)單元的控制區(qū)堿基組成，結(jié)果顯示前者的種間差異明顯大于后者，變異系數(shù)約是后者的兩倍。兩者的差異是由于不同種類重復(fù)單元的堿基組成、長(zhǎng)度及拷貝數(shù)不同。 建立兩套系統(tǒng)樹，其一為基于控制區(qū)部分序列，用BI法和ML法分析

6、，對(duì)鰈形目12種魚類進(jìn)行系統(tǒng)分析，以鱸形目甲若鲹作為外類群。結(jié)果表明：在鰈形目?jī)?nèi)部大口鳒分類地位最原始；鰈亞目先與鰨亞目聚在一起，后與鳒亞目聚在一起，這與形態(tài)特征相符。 其二為基于mtDNA基因組(控制區(qū)除外)，用BI法和ML法分析，構(gòu)建鰈形目系統(tǒng)進(jìn)化樹，種類的選取包含10種鰈形目魚類和其他與鰈形目進(jìn)化關(guān)系較近30種魚類，并以鯡形目(遠(yuǎn)東擬沙丁魚和太平洋鯡)作為外類群。用DAMBE軟件計(jì)算平均堿基含量為A27.6％；C29.4％