縊蟶和三角帆蚌線粒體基因組分析.pdf

1、線粒體是動(dòng)物體內(nèi)的重要細(xì)胞器，使用了三種方法提取縊蟶和三角帆蚌的線粒體基因組，分別為：堿變性法、蛋白酶K法、高鹽沉淀法。通過這三種方法的比較，得出提取縊蟶和三角帆蚌線粒體基因組的最好方法是高鹽沉淀法，高鹽沉淀法提取線粒體基因組有操作簡單、重復(fù)性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)，可不受實(shí)驗(yàn)室環(huán)境條件的制約。 長PCR可以擴(kuò)增出5～42KB的大片段并且具有高保真性的特點(diǎn)，使得它可被應(yīng)用于擴(kuò)增線粒體基因組。分別用兩種擴(kuò)增不同長度的長PCR的方法，獲取了縊蟶和

2、三角帆蚌的線粒體全基因組?？O蟶的擴(kuò)增方法為：根據(jù)兩段間隔基因設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增得到兩段長PCR大片段，三角帆蚌的擴(kuò)增方法為：根據(jù)一段基因設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增得到幾乎整個(gè)線粒體的長PCR大片段。這兩種方法的使用均可使在目的條件未知的情況下也可將目的片段擴(kuò)增出來，為目的片段的擴(kuò)增提供了依據(jù)。 縊蟶線粒體基因組經(jīng)測序拼接后，與已知的基因組進(jìn)行序列比對，確定了各個(gè)基因的位置和大小。縊蟶線粒體基因組已上傳到Gen Bank，序列號(hào)碼為NC_011075

3、。線粒體基因組的特點(diǎn)為：總長為17225bp，所有基因都是從一條鏈讀出的?？O蟶線粒體基因組中也沒有發(fā)現(xiàn)ATP8基因，這與Mytilus Edulis和Crassostrea Virginica的基因組特點(diǎn)一致?？O蟶線粒體基因組中只找到了19個(gè)tRNA，缺失了trnE，trnw和trnS2。縊蟶線粒體基因組的A+T含量為67.0％，這個(gè)含量值在其他無脊椎動(dòng)物線粒體基因組的含量里面屬于較高值?？O蟶線粒體基因組排列順序與其他已知的軟體動(dòng)物差異

4、很大。 三角帆蚌線粒體基因組經(jīng)測序拼接后，與已知的基因組進(jìn)行序列比對，確定了各個(gè)基因的位置和大小。三角帆蚌線粒體基因組已上傳到GenBank，序列號(hào)碼為NC_011763。三角帆蚌線粒體基因組的特點(diǎn)為：長度為15954bp，包含了13個(gè)蛋白編碼基因、22個(gè)tRNA、2個(gè)rRNA，這些個(gè)基因與其他的后生動(dòng)物一致。除nad2和nad3之外的其他蛋白編碼基因，除A，S2，E之外的tRNA以及2個(gè)rRNA，它們的排列順序與北美洲淡水蚌L

5、ampsilis ornata的線粒體基因紐排列順序一致。對從GenBank上下載的14種雙殼綱（bivalvia）的軟體動(dòng)物的線粒體基因組序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析。表明了縊蟶和三角帆蚌與其他14中雙殼綱軟體動(dòng)物的進(jìn)化關(guān)系：縊蟶（Sinonovacula constricta）與菲律賓蛤仔（Venrupis（Ruditapes）philippinarum）親緣關(guān)系較近，三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）與Lampsilis o