利用16S rDNA測序的方法鑒定腐乳中微生物的種類多樣性.pdf

1、腐乳又名醬豆腐，在中國有很長的歷史，是一種傳統(tǒng)發(fā)酵特色食品，因其風(fēng)味獨(dú)特，營養(yǎng)豐富，深受老百姓的喜愛和青睞。經(jīng)過長期的人工選擇，腐乳中微生物形成了特定的群落結(jié)構(gòu)，具有豐富的細(xì)菌多樣性并蘊(yùn)藏著豐富有益菌群，是研究和開發(fā)有益菌群的天然寶庫。然而，由于采用的傳統(tǒng)研究方法單一以及存在的缺陷，導(dǎo)致腐乳的主要微生物類群組成、優(yōu)勢和關(guān)鍵菌群，至今仍不甚明確，也不夠準(zhǔn)確和客觀。本文以不同品牌的腐乳為研究對象，通過提取腐乳樣本中的總 DNA，以細(xì)菌的16

2、S rDNA通用引物 PCR擴(kuò)增目的片段，構(gòu)建16S rDNA V3可變區(qū)文庫并對該文庫進(jìn)行高通量測序分析，從而對腐乳樣本中的細(xì)菌多樣性及群落結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。
　　本研究主要內(nèi)容包括：⑴通過稀釋曲線、Chao1曲線和Shannon-Wierner多樣性曲線三種分析方法，結(jié)果都表明：樣品測序量達(dá)到飽和，所得 OTU能覆蓋樣品內(nèi)所有細(xì)菌類群組成并反映細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)特點(diǎn)。⑵腐乳樣本中細(xì)菌主要分屬4大門：放線菌門 Actinobacteri

3、a，擬桿菌門 Bacteroidetes，厚壁菌門 Firmicutes，變形菌門 Proteobacteria，其中變形菌門和厚壁菌門在所檢測腐乳樣品中都是優(yōu)勢菌群，這四個(gè)細(xì)菌門在22個(gè)腐乳樣品中都占到了測序序列總數(shù)的97％以上。⑶樣品中細(xì)菌的 OTUs種屬水平上進(jìn)一步進(jìn)行分類顯示，本實(shí)驗(yàn)采集的22個(gè)樣本主要包括40個(gè)的屬（圖10），其中放線菌門 Actinobacteria中僅有2個(gè)屬，其中棒狀桿菌屬 Corynebacterium

4、是優(yōu)勢屬；擬桿菌門Bacteroidetes中含有4個(gè)屬，其中鞘氨醇桿菌屬 Sphingobacterium和Wautersiella屬是優(yōu)勢屬；厚壁菌門 Firmicutes中有19個(gè)屬，其中鹽厭氧菌屬Halanaerobium、Rummeliibacillus屬和四聯(lián)球菌屬Tetragenococcus是優(yōu)勢屬；在變形菌門 Proteobacteria中有15個(gè)屬，其中不動(dòng)桿菌屬 Acinetobacter和假單胞菌屬Pseudom