基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法研究微囊藻毒素致白鰱肝損傷的作用機(jī)制.pdf

1、IIIIIIIHILIHI]IIIL[IIIIIHH!Y3262120河南衙紅大哮碩士學(xué)位論文基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法研究微囊藻毒素致白鰱肝損傷的作用機(jī)制學(xué)科、專業(yè)：研究方向：申請(qǐng)學(xué)位類別：申請(qǐng)人：指導(dǎo)教師：水生蘭物學(xué)分子毒理學(xué)理學(xué)碩士謝文婕李效字教授二。一七年五月摘要IIlrllllIF]ill[rillIIIIrFuIIY3262120藍(lán)藻毒素MCLR可對(duì)人和動(dòng)物產(chǎn)生生物毒性，近年來(lái)為毒理學(xué)研究者所關(guān)注。但MCLR的肝毒性機(jī)制尚不完全清楚，

2、特別是對(duì)白鰱肝損傷機(jī)制鮮有報(bào)道。本實(shí)驗(yàn)采用第二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方法，較為全面系統(tǒng)地解析MCLR暴露導(dǎo)致白鰱肝毒性的分子機(jī)制，為全面和深入理解MCLR對(duì)魚(yú)類肝毒性的機(jī)制提供理論支撐。本實(shí)驗(yàn)以白鰱為實(shí)驗(yàn)動(dòng)物，通過(guò)改良寇氏法獲得MCLR對(duì)白鰱急性毒性的24h半致死劑量LDso(544Itg／kg)。依據(jù)所獲得的LDso，選定高濃度組(200Ltg／kg)、低濃度組(50肛g／kg)及對(duì)照組(86％生理鹽水)對(duì)白鰱進(jìn)行腹腔注射急性染毒實(shí)驗(yàn)。通過(guò)提取

3、處理組和對(duì)照組的白鰱肝臟總RNA，應(yīng)用IlluminaHiseq4000平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，采用無(wú)參考序列的Denovo組裝，處理組和對(duì)照組共產(chǎn)生了超過(guò)20Gb的數(shù)據(jù)。本實(shí)驗(yàn)分別對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)基因的篩選、GO功能分析、KEGGpathway分析，并對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行了qPCR驗(yàn)證，獲得以下幾個(gè)方面的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。1Der101：o測(cè)序結(jié)果腹腔注射50肛g／kg和200Itg／kgMCLR處理組和對(duì)照組分別獲得轉(zhuǎn)錄本的總長(zhǎng)度為542

4、17023bp、66980128bp、53611308bp：平均長(zhǎng)度分別為779bp、830bp、790bp；長(zhǎng)度多集中在200400bp，以300bp長(zhǎng)度為主，說(shuō)明樣品片段斷裂隨機(jī)性強(qiáng)，符合組裝要求。轉(zhuǎn)錄本組裝后共得到Unigene數(shù)目分別為50116個(gè)、58987個(gè)、49383個(gè)。將這些轉(zhuǎn)錄本使用Trinity組裝后得到的Unigene，采用了RPKM方法計(jì)算各個(gè)基因表達(dá)量。根據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異標(biāo)準(zhǔn)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，50pg／kgMCLR處理組

5、與對(duì)照組相比共有上調(diào)基因2565個(gè)、下調(diào)1831個(gè)；200Itg／kgMCLR處理組與對(duì)照組相比共有上調(diào)基因7256個(gè)、下調(diào)4751個(gè)。2差異表達(dá)基因的G0功能分析將差異表達(dá)基因逐一在GO數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析，注釋比對(duì)基因的功能以及參與的生物過(guò)程。分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)，GO重疊群分布在斑馬魚(yú)和草魚(yú)之間。在GO數(shù)據(jù)庫(kù)共注釋了14268個(gè)差異表達(dá)基因，覆蓋率分別為2067％。MCLR暴露后在白鰱肝臟中差異表達(dá)基因主要富集在細(xì)胞器、核質(zhì)、細(xì)胞膜、大分子