如何查找基因序列2

1、如何查找基因序列,GenBank數(shù)據(jù)庫,GenBank---序列數(shù)據(jù)庫包括EMBL和DDBJ是NIH遺傳序列數(shù)據(jù)庫，一個(gè)所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集?；蛐蛄锌梢酝ㄟ^訪問GenBank ---- 通過Entrez Nucleotides，利用accession number，作者姓名，物種，基因/蛋白名字，還有許多其他的文本術(shù)語來查詢。,PubMed,美國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)下屬的國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCB

2、I)開發(fā)的、基于WWW的查詢系統(tǒng)。是NCBI Entrez 數(shù)個(gè)數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)下中的一個(gè)。提供免費(fèi)的MEDLINE、PREMEDLINE與其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫接入服務(wù)PubMed也包含著與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接，來自第三方的生物學(xué)數(shù)據(jù)，序列中心的數(shù)據(jù)等等。網(wǎng)址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,查找序列,根據(jù)文獻(xiàn)根據(jù)已經(jīng)獲得的基因的相關(guān)信息,1. 根據(jù)文獻(xiàn)查找基因序列,若在

3、閱讀文獻(xiàn)中看到過你感興趣的基因，而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號(hào)直接打開http://www.ncbi.nlm.nih.gov ，在Search后的下拉框中選擇Nucleotide，把Genbank ID號(hào)輸入GO前面的文本框中點(diǎn)“GO”,例,Mycobacterium tuberculosis esterase/lipase gene Gi：1661228 U76006.1,,,,1661228,,點(diǎn)擊后

4、出現(xiàn)一個(gè)小菜單，里面是與該基因相關(guān)的鏈接，很有用的，值得一個(gè)一個(gè)地去看看,,,,,,若只想獲得序列（例如設(shè)計(jì)PCR引物），可以選擇FASTA格式FASTA格式的序列文件，沒有其他數(shù)字和格式的干擾,,,,,2. 根據(jù)已經(jīng)獲得的基因的相關(guān)信息進(jìn)行查找,如果只是知道基因的名字 – 假單胞菌pseudomonas的lipase基因打開http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中選擇Gene在中間

5、的文本框中輸入基因名稱“VEGF”點(diǎn)擊GO...,,,,可能會(huì)有很多……1244條，哪一條是呢？（這也許是大多數(shù)人對(duì)Genbank的第一印象，即東西太多了，不知道是哪個(gè)。）利用去偽存真的秘密武器—Limits(Limits的意思其實(shí)就是高級(jí)檢索，你可以在這里對(duì)檢索詞進(jìn)行很多限制，這樣能大大精簡(jiǎn)查詢結(jié)果)。,,,,,先選Gene name(基因名稱)；然后再選擇Limit by Taxonomy（生物分類限定）中的pseudom

6、onas然后再點(diǎn)擊“GO”,3 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)子,打開Map viewer頁面，網(wǎng)址為：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜單里選擇物種，for后面填寫目的基因。,,,,目的基因,物種,點(diǎn)擊“GO”,,,,,點(diǎn)擊"Genes seq",,點(diǎn)擊出現(xiàn)的“Download/View Sequence/

7、Evidence ”，即有下載查看序列等功能,,,,,在Sequence Format（序列輸出格式）后面是一個(gè)下拉式選擇菜單，默認(rèn)的為FASTA格式，只有基因序列。還有一個(gè)是GenBank格式，提供了很多該基因的信息。在Sequence Format后選擇GenBank，點(diǎn)擊下面的Display，出現(xiàn)目的基因的相關(guān)信息和序列。可看到基因長(zhǎng)度，基因序列，以及這個(gè)基因是如何被報(bào)道出來的等各種信息。點(diǎn)擊后如圖所示：,,釀酒酵母基因組序列查