基于snp的捻轉(zhuǎn)血矛線蟲(h.contortus)遺傳多樣性分析及p糖蛋白基因核苷酸差異位點篩選

1、 School Code:10270 CLC:Q95 Student Number:122200858 Shanghai Normal University Master Thesis Genetic variability and SNP screening in P-glycoprotein gene of Haemonchus Contortus Department College of Life and Env

2、ironment Science Major Zoology Specialty Zoological biotechnology Athor Ge Cheng Supervisor Feng Xin Gang Date April, 2015II 國的抗藥蟲株、澳大利亞的標(biāo)準(zhǔn)蟲株為研究對象，通過第二代測序技術(shù) 2b-RAD對不同種群蟲株進(jìn)行測序， 獲得不同種群的 SNP 位點，通過比較

3、不同地區(qū)或不同株系捻轉(zhuǎn)血矛線蟲的 SNP 數(shù)據(jù)，分析這些實驗蟲株的種群遺傳多樣性特征， 發(fā)現(xiàn)抗伊維菌素蟲株 P-糖蛋白基因的抗藥性相關(guān)位點。結(jié)果表明：種群內(nèi)部存在較低程度的遺傳分化；中國地區(qū) 4 個現(xiàn)場株種群間處于中等遺傳分化程度，中國地區(qū)4 個現(xiàn)場株種群、澳大利亞標(biāo)準(zhǔn)株種群及英國抗藥株種群之間處于較大的遺傳分化程度。說明不同國家地理起源的種群，由于受地理隔離的影響，遺傳分化水平較高；而我國國內(nèi)的不同地理株種群，由于地理隔離水平受限，遺

4、傳分化水平適中； 且西藏種群由于特殊的地理、 氣候條件， 與其他國內(nèi)株的遺傳差異水平略高。同時，通過基于對敏感蟲株種群和抗藥蟲株種群的 SNP 抗藥標(biāo)記位點的篩選研究， 找到了與抗伊維菌素相關(guān)的兩個標(biāo)記位點， 一個為 P-糖蛋白基因的 SNP 標(biāo)記位點(該位點在基因組上的位置為， scaffold HF967529.1,NO.84514， 位于 P-糖蛋白基因的內(nèi)含子區(qū)域)，堿基突變類型為由胞嘧啶(C)突變?yōu)橄汆堰?A)；另一個為與P-