蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建研究.pdf

1、蛋白質(zhì)芯片是一項(xiàng)強(qiáng)大的蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)，過(guò)去十幾年中，該技術(shù)已被廣泛地用于基礎(chǔ)研究和臨床研究。到目前為止已累計(jì)了大量的原始芯片實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，仍缺乏一個(gè)專門為蛋白質(zhì)芯片量身打造的數(shù)據(jù)庫(kù)，絕大部分蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)仍零散存儲(chǔ)在眾多的研究組，不能有效地共享以進(jìn)一步發(fā)揮數(shù)據(jù)的價(jià)值。針對(duì)這一問(wèn)題，我們構(gòu)建了一個(gè)蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)庫(kù)（PMD:Proteome Microarray Database）（www.proteinmicroarray.cn），作為專

2、門儲(chǔ)存和分享蛋白質(zhì)芯片原始數(shù)據(jù)的公共數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái)。
　　PMD現(xiàn)在已經(jīng)收錄的蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)來(lái)自多種不同的芯片類型，如蛋白質(zhì)組芯片、抗體芯片和凝集素芯片等。在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，用戶可以瀏覽和搜索蛋白質(zhì)芯片相關(guān)數(shù)據(jù)和信息，為了提高數(shù)據(jù)庫(kù)使用效率，我們提供多因子搜索功能，如實(shí)驗(yàn)名稱、芯片類型名稱等。另外，為了方便那些對(duì)蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)感興趣的用戶挖掘數(shù)據(jù)信息，PMD還整合了多個(gè)關(guān)鍵的生物芯片和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析工具，提供了一個(gè)自動(dòng)化的數(shù)據(jù)分析接口，

3、用戶只需上傳原始數(shù)據(jù)并定義相關(guān)分類和信息，提交后，PMD將自動(dòng)完成分析并生產(chǎn)完整的分析報(bào)告待用戶下載。完整的分析報(bào)告包括數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化結(jié)果、差異信號(hào)點(diǎn)篩選結(jié)果、聚類和注釋結(jié)果等。且蛋白質(zhì)芯片相關(guān)的高影響文章也將被及時(shí)地收錄在PMD中，并按照嚴(yán)格的分類進(jìn)行儲(chǔ)存和展示。
　　據(jù)我們所知，PMD是首個(gè)專門儲(chǔ)存和分享蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)的公共平臺(tái)。在該在線數(shù)據(jù)庫(kù)中，用戶可“一站式”獲取蛋白質(zhì)芯片實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)和相關(guān)信息，具體包括原始芯片數(shù)據(jù)、芯片信息和