分子結構優(yōu)化中的新型算法研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、中國科學技術大學博士學位論文分子結構優(yōu)化中的新型算法研究姓名:姜海燕申請學位級別:博士專業(yè):分析化學指導教師:邵學廣20031001中國科學技術夫學博上學位論文4發(fā)展了改進的構型種子技術并用于LJ原子簇的結構優(yōu)化和預測。利用優(yōu)化得到的團簇二十面體和十面體作為初始結構的核心,使優(yōu)化參數(shù)大大減少從而提高了優(yōu)化效率。構型種子技術與PRTA算法結合成功地得到了原予簇LJl50309的所有已知最低能量和結構。對優(yōu)化結果的分析表明,這種改進的種子技

2、術克服了傳統(tǒng)種子技術存在的闖題,方法合理有效。此外,還用PRTA算法和構型種子技術優(yōu)化并預測了尚無報道的原子簇LJ310330的結構。并采用團簇能量和最近鄰原子數(shù)的一階差分,分析了所預測團簇能量和結構的合理性。5為了對團簇的Marks十面體最低能量序列進行全面研究,提出了一種構建團簇Marks十面體構型格點的幾何模建方法,并驗證了該模建方法的可靠性。應用所提出的模建方法構建了LJ原予簇中原子數(shù)N10000的Marks十面體團簇,通過比較

3、奇數(shù)族和偶數(shù)族Marks十面體團簇的能量,發(fā)現(xiàn)了新的Marks十面體的最低能量序列。6用FAEA算法和CHARMM力場研究了甲硫胺酸腦啡肽(MetEnkephalinl的低能構象。首先實現(xiàn)并驗證了CHARMM力場能量評價和力場梯度計算程序,然后用FAEA優(yōu)化算法分別優(yōu)化了中性分子和兩性離子形式的甲硫胺酸腦啡肽。優(yōu)化結果與文獻結論一致:在CHARMM力場中,中性甲硫胺酸腦啡肽分子的最低能量構象可能是Y一轉角構象,但是在低能構象中占據主要地

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