蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)的氨基酸配對的統(tǒng)計分析及數(shù)據(jù)庫構(gòu)建.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、蛋白質(zhì)的三維空間結(jié)構(gòu)在蛋白質(zhì)功能研究中具有重要作用。從蛋白質(zhì)一級序列預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)是預(yù)測蛋白質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)和理解蛋白質(zhì)折疊機制的關(guān)鍵步驟?;?SQL Server 數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng),將蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測研究的樣本集 CB513、CB396 和 RS126 等組織起來,建立了數(shù)據(jù)庫 DataSet,并配置了一個 IIS (Internet Information Services) 服務(wù)器實現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)查詢。該數(shù)據(jù)庫將蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測樣

2、本集有效地組織起來,實現(xiàn)了規(guī)范化、結(jié)構(gòu)化管理,便于存儲、檢索和分析數(shù)據(jù),減少錯誤的發(fā)生。通過該數(shù)據(jù)庫可以提取供蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測研究的樣本、序列轉(zhuǎn)換、變換編碼以及分析評價預(yù)測結(jié)果等,取代許多傳統(tǒng)的依靠編程處理文本文件的煩瑣工作,大大提高效率,促進工作的開展。 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)可以成為預(yù)測蛋白質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)和理解蛋白質(zhì)折疊機制的基礎(chǔ)和起點。因而,從已知結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)中盡可能多地挖掘出二級結(jié)構(gòu)蘊含的潛在信息和規(guī)律,就顯得十分必要。β折

3、疊結(jié)構(gòu)是重要的二級結(jié)構(gòu)類型之一,在這種結(jié)構(gòu)中,相鄰折疊股片段上的氨基酸形成兩兩配對。為了探索股片段之間的相互作用關(guān)系,收集整理了這些配對,并基于 SQL Server 2000系統(tǒng)構(gòu)建了一個關(guān)系型數(shù)據(jù)庫——SheetsPair,也為該數(shù)據(jù)庫建立了IIS服務(wù)器,實現(xiàn)了基于網(wǎng)絡(luò)的查詢。 基于SheetsPair數(shù)據(jù)庫,統(tǒng)計和分析了β折疊結(jié)構(gòu)中的氨基酸配對,探索了配對規(guī)律。結(jié)果表明,20 種氨基酸在整體上具有配對親和傾向,疏水作用在

4、β折疊結(jié)構(gòu)的形成中也具有非常重要的作用?;诮y(tǒng)計結(jié)果,還計算出了一套氨基酸配對親和值。本研究的結(jié)果可為今后蛋白質(zhì)三維空間結(jié)構(gòu)預(yù)測以及蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)折疊機制的研究帶來一定幫助。 從氨基酸配對統(tǒng)計分析的結(jié)果出發(fā),探索了股片段配對的算法,提出了一種算法思路,并開發(fā)了一些軟件和程序以輔助算法的開發(fā)。雖然目前尚未開發(fā)出十分完善的算法,但前有的工作基礎(chǔ)表明該領(lǐng)域具有廣闊的前景。 在前期若干生物信息數(shù)據(jù)庫構(gòu)建工作的基礎(chǔ)上,基于 S

5、QL Server 2000,構(gòu)建了一個神經(jīng)信息學(xué)數(shù)據(jù)庫——腦電數(shù)據(jù)庫系統(tǒng),并也為其配置了一個IIS 服務(wù)器用于網(wǎng)絡(luò)查詢。以臨床腦電數(shù)據(jù)為例,該數(shù)據(jù)庫不僅存儲了病例信息,還將腦電數(shù)據(jù)及其注釋結(jié)構(gòu)化和規(guī)范化為數(shù)據(jù)庫的表的形式。這與通常的采用文本文件的存儲方式不同,它能夠充分發(fā)揮關(guān)系型數(shù)據(jù)庫的強大優(yōu)勢,為存儲、檢索和分析數(shù)據(jù)帶來最大程度的方便和靈活性,減少錯誤的發(fā)生。為有效管理神經(jīng)信息學(xué)研究的多種算法、方便用戶調(diào)用,開發(fā)了一個“生物數(shù)據(jù)分析

6、平臺”軟件,該軟件可展示生理信號數(shù)據(jù),并集成多種算法,通過平臺可直接調(diào)用算法進行數(shù)據(jù)分析。軟件還允許用戶自行添加、刪除算法等。 生物計算一般是大規(guī)模、高通量并且十分費時的過程,因而在編程實現(xiàn)生物計算算法或在開發(fā)生物計算軟件時,設(shè)計向用戶指示處理進度的功能就十分必要。本文在前期軟件開發(fā)和程序設(shè)計的工作基礎(chǔ)上,總結(jié)出一套指示處理進度的方法,并基于Visual Basic語言開發(fā)了一種比一般進度條控件更強大的指示進度窗體,封裝了常用

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