臺西南海盆深海沉積物的微生物多樣性分析和元基因組學研究.pdf

1、海洋微生物是潛在的新物種和天然產(chǎn)物的重要來源。為了研究臺西南海盆北部陸坡區(qū)的微生物多樣性，構(gòu)建了16S rDNA基因文庫并進行了PCR-RFLP的分析，然后對160個細菌克隆和50個古菌克隆進行了測序，對測序的結(jié)果進行了相應(yīng)的分析，所分析的細菌群體總共有83個OTUs，在群體結(jié)構(gòu)上，Proteobacteria和Planctomycetes是細菌群體中的優(yōu)勢類群，其他的細菌類群分別是Acidobacteria，Actinobacteri

2、a， Chloroflexi，Chlamydiae和Firmicutes。利用測序的細菌序列構(gòu)建進化樹上，發(fā)現(xiàn)其中有三個潛在的新的細菌類群。在所研究的古菌群體中，所有的克隆都來源于Crenarchaeota門，其中屬于Marine Group I Crenarchaeota的序列最多。為研究和挖掘群體中的基因信息和基因資源，利用總沉積物DNA構(gòu)建了元基因組fosmid文庫，從文庫中選取了一些克隆進行了RFLP預(yù)分析，以觀察文庫克隆的多樣

3、性，隨機選取了大約200個fosmid克隆進行了末端測序。所構(gòu)建的fosmid文庫大約含有1，000，000個克隆，文庫克隆的平均插入片段為38kb，末端測序的結(jié)果顯示文庫中包含了豐富且多樣的基因信息，如碳水化合物代謝、轉(zhuǎn)運因子等相關(guān)的基因信息，這些基因信息為研究微生物群體和環(huán)境之間的關(guān)系提高了重要的線索。利用功能為基礎(chǔ)的篩選方法，從元基因組文庫中篩選獲得6個酯裂解基因，其中5個基因是新的酯酶基因，并有一個新的酯酶家族，對酯酶Lip_Y