組蛋白修飾及轉(zhuǎn)錄因子對染色質(zhì)開放性影響的量化分析.pdf

1、DNA酶I超敏感位點(diǎn)是對于DNA酶I的水解異常敏感的染色質(zhì)區(qū)域,這些區(qū)域大多位于有活性的基因和順式調(diào)節(jié)元件上。傳統(tǒng)上,這些區(qū)域被認(rèn)為是開放染色質(zhì),而且對于很多重要的生物學(xué)活動(dòng),比如基因轉(zhuǎn)錄, DNA復(fù)制,細(xì)胞分化等,都有很重要的生物學(xué)作用。現(xiàn)在,人們已經(jīng)知道,很多染色質(zhì)上的生物學(xué)特征,比如組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合對于染色質(zhì)的開放性以及超敏位點(diǎn)的形成都有很重要的作用。
　　在本研究中,我們對整個(gè)基因組上DNA酶I超敏感位點(diǎn)區(qū)域染色

2、質(zhì)的開放性與組蛋白修飾、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合之間的關(guān)系,做了一下深入的分析。我們發(fā)現(xiàn)對于這些基因組上的特征而言,不同的特征對于染色質(zhì)開放區(qū)域的偏愛是不同的。為了闡明它們之間確定的量化關(guān)系,我們利用這些基因組上的特征,構(gòu)造了統(tǒng)計(jì)學(xué)模型直接去預(yù)測基因組的開放性程度,我們發(fā)現(xiàn)組蛋白修飾和轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合都能對基因組的開放性有很好的預(yù)測。而且,我們的結(jié)果也證實(shí),這些特征之間是高度冗余的,只需要一小部分的特征就可以得到一個(gè)比較高的預(yù)測準(zhǔn)確度。