巴馬小型兒豬經(jīng)典SLA-Ⅰ類和Ⅱ類基因克隆及生物信息學(xué)分析.pdf

1、豬主要相容性復(fù)合體(majorhistocompatibilitycomplex,MHC),也稱為豬白細(xì)胞抗原(swineleukocyteantigen,SLA),是存在豬的7號染色體上的一個高度多態(tài)、緊密連鎖的基因群,具有十分重要的生物學(xué)功能。為了詳細(xì)了解巴馬小型豬SLA經(jīng)典Ⅰ類(SLA-1,2,3)和Ⅱ類(SLA-DRA,DRB1,DQA,DQB1)基因在巴馬小型豬群體中的多態(tài)性、分布及進(jìn)化關(guān)系,本研究通過對7個經(jīng)典SLA座位的擴(kuò)

2、增,進(jìn)行克隆測序,確定了該群體中存在的等位基因,并對這些等位基因進(jìn)行了相關(guān)的生物學(xué)分析。由于該群體為自然基礎(chǔ)群體,遺傳背景比較復(fù)雜,群體樣本量較大,SLA基因的研究工作的克隆測序工作量太大,并且耗時長,成本較大,也為了避免出現(xiàn)重復(fù)測序,研究中首先進(jìn)行了微衛(wèi)星的群體檢測,明確個體間的進(jìn)化關(guān)系。本研究選取了世界糧農(nóng)組織和動物遺傳學(xué)會聯(lián)合推薦的10個微衛(wèi)星位點,通過對這些位點PCR擴(kuò)增檢測,使用相關(guān)軟件分析了巴馬小型豬群體的遺傳多樣性,并對該

3、群體的90個個體進(jìn)行了進(jìn)化樹的繪制,根據(jù)分析結(jié)果挑出了15個差異性較大的個體進(jìn)行SLA的研究。整個研究獲得以下結(jié)論:
　　1.該群體中,10個微衛(wèi)星座位具有豐富的多態(tài)性,等位基因數(shù)目多,群體中有效等位基因數(shù)量不平衡,各微衛(wèi)星座位上優(yōu)勢等位基因明顯,每個座位上均有一個或2個優(yōu)勢等位基因;10個微衛(wèi)星座位雜合度較高,各微衛(wèi)星座位多態(tài)信息含量較高。說明該群體內(nèi)基因的一致性很差,變異性較大,選擇的潛力非常大,該群體保持了豐富的遺傳多樣性。

4、這些數(shù)據(jù)為選擇代表性的個體進(jìn)行SLA多態(tài)性研究提供了有效的依據(jù)。
　　2.對巴馬小型豬群體中90個個體聚類分析了個體間的進(jìn)化關(guān)系,結(jié)合各微衛(wèi)星座位上等位基因的信息挑取了15個差異性較大的個體作為SLA基因研究的對象。
　　3.在該群體中3個SLA-Ⅰ類基因座位(SLA-1,2,3)上等位基因豐富,多態(tài)性高,共發(fā)現(xiàn)等位基因38個,新等位基因29個,4個SLA-Ⅱ類基因座位(SLA-DRA,DRB1,DQA,DQB1)多態(tài)性沒有

5、Ⅰ類高,共發(fā)現(xiàn)等位基因數(shù)有34個,但是新發(fā)現(xiàn)等位基因只有4個。
　　4.對于新發(fā)現(xiàn)的基因我們根據(jù)SLA基因的命名原則,分別給予臨時命名。并將新發(fā)現(xiàn)等位基因提交至NCBI數(shù)據(jù)庫,獲得登錄號。
　　5.該群體7個SLA座位上新發(fā)現(xiàn)等位基因與NCBI數(shù)據(jù)庫中SLA和HLA等位基因同源性均較高。
　　6.該群體中,等位基因分布特征為各基因座位多態(tài)性高,每個座位上優(yōu)勢等位基因明顯,均有1-2個優(yōu)勢等位基因。
　　7.7個基

6、因座位克隆測序獲得的新等位基因序列均含有完整的開放閱讀框,SLA-Ⅰ類3個基因都包括8個外顯子,SLA-1和SLA-3新等位基因序列都包含1086個核苷酸,編碼361個氨基酸殘基;SLA-2新等位基因序列都含有1095個核苷酸,編碼364個氨基酸殘基。SLA-Ⅱ類基因座位中,SLA-DRA新的等位基因序列包含759個核苷酸,分隔為4個外顯子區(qū)域,編碼252個氨基酸殘基;SLA-DQA新的等位基因序列都含有768個核苷酸,分隔為4個外顯子