原核生物基因組島預測結果比較及島內必需基因分析.pdf

1、原核生物基因組島預測結果比較及核生物基因組島預測結果比較及島內島內必需基因分析需基因分析Comparisonofthepredictionsofprokaryoticgenomicislsanalysisofprokaryoticessentialgenesingenomicisls學科專業(yè)：生物物理研究生：張曦指導教師：高峰教授天津大學理學院二零一六年三月中文摘要中文摘要原核生物包括細菌和古菌，涉及健康、醫(yī)藥、環(huán)境、能源等諸多領域，與

2、人類生活休戚相關?；蚪M島是原核生物中水平轉移來的一簇外源基因，經研究發(fā)現(xiàn)這些基因與原核生物的致病、耐藥、分泌、抗菌和代謝等密切相關?；诨蚪M島上出現(xiàn)的某些序列特征或對不同物種間的基因組進行序列比較，國內外科研人員已經研發(fā)出了大量識別基因組島的工具，比如基于序列組成的識別基因組島的方法IslPath，SIGIHMM，ZislExpler和基于比較基因組的方法IslPick和MobilomeFINDER。面對種類繁多的基因組島預測方法，

3、如何選擇合適的方法就顯得尤為重要。本文的前半部分工作著重對原核生物基因組島預測結果進行比較。文中先介紹了基因組島的功能類型和序列特性，其次介紹了目前常用的基因組島識別工具和網絡資源，最后我們用多種代表性的識別方法預測了28個原核生物的基因組島。通過與實驗預測基因組島的比較，我們發(fā)現(xiàn)了不同基因組島識別方法在預測結果上的差異?；诒容^可信的原核生物基因組島預測結果，科研人員逐漸把目光轉向了基因組島上的功能和成分分析，比如通過研究其中的耐藥基

4、因，可以進一步分析原核生物耐藥機理，從而為研制新的抗生素和耐藥靶點提供依據(jù)。在本文的后半部分，我們研究了原核生物基因組島中的必需基因，并對島內外必需基因進行了統(tǒng)計分析。必需基因是指對細胞生存起關鍵作用的基因所編碼的蛋白質能夠維持細胞存活的基本功能。文中先介紹了必需基因的實驗識別方法和相關數(shù)據(jù)庫。其次，通過統(tǒng)計學方法進一步分析了28個原核生物島內和島外必需基因的比例，結果發(fā)現(xiàn)必需基因在島內要比島外顯著地少。最后，通過BLAST比對基因組島