刻肋海膽科兩種刻肋海膽線粒體基因組全序測(cè)定和系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析.pdf

1、本文以芮氏刻肋海膽和哈氏刻肋海膽為研究對(duì)象,利用線粒體基因組全序?qū)@兩種海膽進(jìn)行比較研究,同時(shí)從線粒體基因組的方面討論其海膽綱中9種海膽的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和遺傳分化。本研究成果為海膽的線粒體基因組數(shù)據(jù)提供了基礎(chǔ)資料,為海膽分類學(xué)提供了分子依據(jù)。
　　線粒體基因組全序測(cè)定方面,以long-PCR結(jié)合常規(guī)PCR方法設(shè)計(jì)了17對(duì)引物和10對(duì)檢測(cè)引物,采用步移法測(cè)定了兩種刻肋海膽的線粒體基因組全序列,其中芮氏刻肋海膽基因組長(zhǎng)度為15696bp

2、,哈氏刻肋海膽為15710bp。刻肋海膽的基因組結(jié)構(gòu)與棘皮動(dòng)物門的大多數(shù)已知序列種一致,包括22個(gè)tRNA、2個(gè)rRna、13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因以及非編碼區(qū),排列順序也與棘皮動(dòng)物一致;堿基含量方面,刻肋海膽線粒體基因組兩條鏈上有明顯的AT偏倚;兩種刻肋海膽同源蛋白質(zhì)基因的長(zhǎng)度(除COX1)和順序相同,大多數(shù)基因用標(biāo)準(zhǔn)密碼子ATG,少數(shù)使用GTG作為起始密碼子;兩種刻肋海膽的核糖體RNA長(zhǎng)度相同,且表現(xiàn)出較高的保守性;兩種刻肋海膽的輕鏈復(fù)制

3、起始區(qū)OL均能形成穩(wěn)定的莖環(huán)二級(jí)結(jié)構(gòu)。
　　系統(tǒng)發(fā)育方面,采用線粒體基因全序列、蛋白質(zhì)編碼基因聯(lián)合、tRNA聯(lián)合、rRNA聯(lián)合對(duì)9種海膽分別采用距離法(NJ),最大節(jié)約法(MP),最大擬然法(ML)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,根據(jù)Kimura-2-parameter計(jì)算其遺傳距離,結(jié)果顯示刻肋海膽的兩種海膽和黑海膽、心形海膽的遺傳距離較近,與球海膽科的遺傳距離較遠(yuǎn)。3種方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹,樹形基本相同,系統(tǒng)發(fā)育拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)與形態(tài)學(xué)分類結(jié)果一致。