不同類型豬小腸組織差異EST的鑒定及SNPs分析.pdf

1、豬小腸是營養(yǎng)物質(zhì)消化吸收的重要場所,并且隨不同類型豬種表現(xiàn)出特異性,研究不同豬種小腸組織基因的差異表達對了解豬種對營養(yǎng)物質(zhì)利用的遺傳機制具有重要的意義。本研究利用安徽地方豬種(定遠豬77頭、皖南花豬34頭、皖南黑豬15頭)和商品瘦肉豬(杜洛克×長白×大白,簡稱外三元)作為研究對象,采集其小腸組織,提取mRNA,并反轉(zhuǎn)錄成cDNA,利用3條錨定引物和6條隨機引物組成的18個引物對進行DDRT-PCR分析,通過聚丙烯酰胺凝膠電泳得到差顯條帶

2、,經(jīng)測序及PCR鑒定確證其中的差異EST;對EST進行連鎖群分析及其SNP與豬種類型的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明:
　　1.共檢測出180條EST,其中地方豬種個體間差異EST為6條,外三元個體間差異EST為12條,地方豬與外三元間差異EST為8條,其中存在3條特異性明顯的EST(G24-300、G01-360和A12-340)。對3個EST進行表達分析表明,G24-300在外三元中表達水平明顯高于地方豬,而G01-360和A12-340

3、在不同類型豬間的表達量差異不明顯。G24-300位于豬的2號染色體,介于血清應答因子綁定蛋白1(SRFBP1)基因和上游基因線粒體鐵蛋白(FTMT)基因之間,在SRFBP1基因下游還存在賴氨酰氧化酶(LOX)基因,形成FTMT-G24-SRFBP1-LOX連鎖群。G01-360位于豬的13號染色體,與嗅覺受體1、3基因(olfactoryreceptor5K1、3-like)連鎖。
　　2.在豬基因組進行同源性分析顯示,G24-3

4、00未發(fā)現(xiàn)有同源序列,而G01-360在豬的多個染色體上發(fā)現(xiàn)有高同源性的區(qū)域(同源性均在80％以上),其中與豬13號染色體的3個區(qū)域的同源性分別高達99%、98%和98%,G01-360內(nèi)存在一個高度保守的27bp序列。
　　3.G24-300未發(fā)現(xiàn)有SNP位點。G01-360發(fā)現(xiàn)有8個SNP位點(T30C、A117G、C149T、A157C、A161T、G273T、G282T和T294C),且117bp位點和161bp位點為聯(lián)合

5、突變位點,當117bp位點出現(xiàn)純合子117AA時,161bp位點是純合子161AA,當117bp出現(xiàn)雜合子117AG時,161bp出現(xiàn)雜合子161AT。149TT和149CC的基因型頻率在皖南黑豬和皖南花豬中均為0,在定遠豬中也比較低,分別為0.0612,0.0204;在外三元中出現(xiàn)頻率較高,分別為0.2567,0.2078。各位點基因型頻率在不同類型豬分布中存在差異,在地方豬品種間T149C、A157C和T273G三個位點差異不明顯,