翹嘴鱖肌球蛋白重鏈(MyHC)基因的克隆及其特征分析.pdf

1、肌球蛋白重鏈(MyHC)是骨骼肌的主要結(jié)構(gòu)和收縮蛋白。本文以翹嘴鱖背側(cè)白肌為實(shí)驗(yàn)材料,采用Trizol法提取白肌總RNA,然后反轉(zhuǎn)錄合成單鏈cDNA為模板,根據(jù)Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)中相近物種的MyHC基因保守序列,設(shè)計(jì)三對(duì)引物,分別通過三組PCR克隆、產(chǎn)物測(cè)序、序列拼接后獲得翹嘴鱖肌球蛋白重鏈基因的完整開放閱讀框。
　　 翹嘴鱖MyHC基因閱讀框全長(zhǎng)5814bp,編碼1937個(gè)氨基酸,分子量大小大約為220kDa,其等電點(diǎn)為5.

2、61。其中疏水性氨基酸606個(gè)(A,I,L,F,W,V),親水性氨基酸451個(gè)(N,C,Q,S,T,Y),1937個(gè)氨基酸中親水性氨基酸多集中于100-800位,而疏水性氨基酸多集中在Myosintail1保守區(qū)域。由于疏水性氨基酸所占的比例比較大,總體上翹嘴鱖肌球蛋白重鏈屬于疏水性蛋白。翹嘴鱖肌球蛋白重鏈強(qiáng)堿性氨基酸309個(gè)(K,R),強(qiáng)酸性氨基酸355個(gè)(D,E),強(qiáng)堿性和強(qiáng)酸性氨基酸含量差別不太大。密碼子統(tǒng)計(jì)分析也表明:翹嘴鱖肌球

3、蛋白重鏈cDNA的堿基組成不存在明顯的偏好性,但是整個(gè)cDNA序列中C和T堿基含量較低,僅分別為20.9％和20.31%。同時(shí),各個(gè)位點(diǎn)的堿基含量也各不相同,第一位堿基具有較高的A和G堿基(35.1%,37.1%),第二位具有較高的A堿基(43.8%),第三位具有較高的G堿基。
　　 翹嘴鱖MyHC主要是由3部分組成:S1、S2和LMM區(qū)域。其中S1區(qū)有三個(gè)ATP結(jié)合位點(diǎn)、三個(gè)actin結(jié)合位點(diǎn)和兩個(gè)Loop表面環(huán)。通過氨基酸序

4、列比對(duì)發(fā)現(xiàn),翹嘴鱖MyHC的S1、S2和LMM三個(gè)區(qū)域與大眼鱖、白姑魚和鯉魚等魚的同源性分別為90.7%-95.7%、91.5%-93.7%和89.9%-99.5%,具有很高的同源性。其中三個(gè)ATP結(jié)合位點(diǎn)和三個(gè)actin結(jié)合位點(diǎn)高度保守,而兩個(gè)Loop表面環(huán)保守性較低。
　　 通過GenBank中查詢得到11種魚的MyHC的氨基酸序列,利用CLUSTALX1.83和MEGA4.0軟件與本實(shí)驗(yàn)所克隆出來的翹嘴鱖MyHC的氨基酸序