基于編碼序列、基因間序列和氨基酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系比較.pdf

1、密碼子水平的進(jìn)化依然是當(dāng)今的熱點問題之一,因此探討基因組中密碼子的使用模式以及影響這種模式形成的各種因素,將有助于了解基因組特征和分子進(jìn)化歷史事件。顯然,兩個緊鄰的密碼子或緊鄰的三聯(lián)體,即密碼對或三聯(lián)體對中的堿基信息,也應(yīng)能體現(xiàn)生物的進(jìn)化信息。
　　 為探尋基因組中編碼序列和基因間序列與氨基酸序列在生物進(jìn)化上的差異,以密碼對和三聯(lián)體對中二核苷酸的使用頻率為指標(biāo),具體研究結(jié)果如下:
　　 以7種古菌、46種細(xì)菌和10種真核

2、生物的基因組為樣本,考慮堿基間短程關(guān)聯(lián)和長程關(guān)聯(lián)作用,得到編碼序列密碼對和基因間序列三聯(lián)體對中不同位點的二核苷酸頻率,據(jù)此構(gòu)建了基于編碼序列和基因間序列的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系圖。無論是基于編碼序列還是基因間序列的信息進(jìn)行聚類,古菌或真核均被聚在一個支上,表明聚類參數(shù)的選擇是合適的；與用氨基酸序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系兩兩比較,發(fā)現(xiàn)大部分硬壁菌其編碼序列與基因間序列之間以及它們與氨基酸序列之間的進(jìn)化存在較大差異。認(rèn)為將這三類序列的進(jìn)化信息綜合考慮,才