以Holder指數(shù)形式和多重仿射性分析來區(qū)分完全基因中的編碼和非編碼序列.pdf

1、對生物信息學(xué)家和計(jì)算生物學(xué)家來說，精確的預(yù)測基因組中的基因一直是項(xiàng)很有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。因此，發(fā)現(xiàn)編碼序列和非編碼序列中有明顯的尺度聯(lián)系的存在性會(huì)給弄清DNA序列帶來新的前景，這就促使我們?nèi)ふ倚碌姆椒▉砻钄⒑蛥^(qū)分編碼和非編碼序列。
　　 在這篇文章中，我們首先采用數(shù)值序列來表示DNA序列，對所得到的數(shù)值序列表示，然后以多重仿射性分析和H(o)lder指數(shù)形式來得到所要的三個(gè)指數(shù)。選取三個(gè)合適的指數(shù)來構(gòu)造參數(shù)空間，指數(shù)γ(-2)與γ

2、(6)來自于多重仿射性分析，h來自于H(o)lder指數(shù)形式，每個(gè)編碼序列或者非編碼序列就被表示為這個(gè)三維參數(shù)空間之中的一個(gè)點(diǎn)。在這個(gè)參數(shù)空間中我們可以看到對應(yīng)于一些原核生物的完全基因組中的編碼序列和非編碼序列可以被粗略的分開到兩個(gè)不同的區(qū)域。如果一個(gè)DNA序列，它相對應(yīng)的點(diǎn)(γ(-2)，γ(6)，h)落在了它所對應(yīng)的編碼序列的區(qū)域，我們就認(rèn)為這個(gè)序列是編碼序列；否則，我們就認(rèn)為它是非編碼序列。因此，這些指數(shù)可以被用來區(qū)分編碼序列和非編