2株溶血不動(dòng)桿菌全基因組測(cè)序及生物信息學(xué)分析.pdf

1、溶血不動(dòng)桿菌是一種需氧型、非發(fā)酵糖類的、具有溶血活性的革蘭氏陰性菌，可引起肺部感染、泌尿系統(tǒng)感染、菌血癥、心內(nèi)膜炎和腦膜炎等。近幾年，溶血不動(dòng)桿菌因持續(xù)上升的耐藥性受到臨床關(guān)注，了解溶血不動(dòng)桿菌的致病機(jī)理、耐藥機(jī)制和流行病學(xué)具，有重要的臨床意義。
　　本研究中耐藥型溶血不動(dòng)桿菌W65和敏感型溶血不動(dòng)桿菌H2063分離自天津醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院，藥敏試驗(yàn)驗(yàn)證了溶血不動(dòng)桿菌W65對(duì)氟喹諾酮類、β-內(nèi)酰胺類和氨基糖苷類抗生素耐藥，溶血不

2、動(dòng)桿菌H2063屬于藥物敏感型菌株。利用Illumina Hiseq和Miseq測(cè)序平臺(tái)以及PacBio RS II三代測(cè)序平臺(tái)對(duì)2株菌進(jìn)行全基因組測(cè)序；通過(guò)數(shù)據(jù)矯正和混拼，獲得溶血不動(dòng)桿菌W65全基因組序列；使用PCR和TA克隆技術(shù)，對(duì)溶血不動(dòng)桿菌H2063進(jìn)行缺口補(bǔ)平，scaffold數(shù)量降到四個(gè)。溶血不動(dòng)桿菌W65基因組由一條長(zhǎng)3,925,714bp的環(huán)狀染色體及2個(gè)質(zhì)粒；GC含量為39.72％，編碼基因有3,568個(gè)，非編碼RN

3、A包含72個(gè)tRNA、1個(gè)sRNA和16個(gè)rRNA；包含攜帶的基因與毒力因子及代謝相關(guān)的11個(gè)基因組島；包含blaOXA-214-like基因、aac(6’)-Ig基因、tet基因、sul2基因及三種藥物外排泵（RND family、MATE family、MFS family）等耐藥性相關(guān)基因，且包含4個(gè)衣霉素抗性蛋白，但耐藥機(jī)制尚不清楚。溶血不動(dòng)桿菌 H2063菌株基因組GC含量為39.66%，3,384個(gè)編碼基因，非編碼RNA包含

4、75個(gè)tRNA、6個(gè)sRNA和13個(gè)rRNA；18個(gè)假定基因組島；14個(gè)耐藥性相關(guān)基因，同樣包含blaOXA-214-like基因、aac(6’)-Ig基因，以及兩種藥物外排泵（RND family和MATE family）；兩株菌均發(fā)現(xiàn)志賀毒素Stx2編碼基因。
　　溶血不動(dòng)桿菌W65成為目前首株全基因組序列拼接完成的溶血不動(dòng)桿菌，將為研究溶血不動(dòng)桿菌耐藥機(jī)制和致病機(jī)理分析提供可靠信息，同樣為其他溶血不動(dòng)桿菌測(cè)序工作提供序列參考