Pannonibacter phragmitetus 31801的基因組測序和生物信息學分析.pdf

1、學校代碼:10385分類號:研究生學號:1400216018密級:Pannonibacterphragmitetus31801的基因組測序和生物信息學分析的基因組測序和生物信息學分析Pannonibacterphragmitetus31801genomicsequencingbioinfmaticsanalysis作者姓名：周亞軍周亞軍指導教師：王明席王明席合作教師：學科：微生物學生物學研究方向：生物信息學生物信息學所在學院：生物醫(yī)學學

2、院生物醫(yī)學學院論文提交日期：二零一柒二零一柒年五月二十一二十一日摘要I摘要摘要Pannonibacterphragmitetus是一種兼性需氧、非發(fā)酵糖類的革蘭氏陰性桿菌。目前有關P.phragmitetus的研究集中于重金屬解毒。P.phragmitetus是機會性感染病原體，盡管僅有4例報道，其未發(fā)現(xiàn)的感染數(shù)目可能很大。該菌是多耐藥菌，其耐藥機制、致病機制、重金屬代謝機制未曾報道。針對這些疑問，本論文對一株來源于肝膿腫病人的細菌P.

3、phragmitetus31801，進行了抗生素耐藥性測試（AST）和基因組測序。AST顯示對氨基糖苷類、氟喹諾酮類、四環(huán)素類、硝基呋喃類抗生素耐藥，可以指導對該菌感染治療。P.phragmitetus31801全基因組測序使用PacBioRSII平臺，獲得P.phragmitetus31801基因組由一個完整的染色體和一個閉環(huán)質粒（p.p1）組成。運用基因組平均核苷酸一致性(ANI)的分析方法將P.phragmitetus31801細

4、菌明確歸類到P.phragmitetus種。在前噬菌體、基因島、比較基因組方面，使用CRISPRFinder、PHAST、IslViewer、Mauve等軟件，發(fā)現(xiàn)P.phragmitetus31801基因組上共有5個CRISPR、3個前噬菌體和21個基因島，并推測P.phragmitetus31801的前噬菌體A可能由環(huán)境菌株水平轉移來。利用ARDB、CARD、RAST、VFDB和等多功能數(shù)據(jù)庫在該基因組發(fā)現(xiàn)了大量與耐藥機制、致病機制

5、、重金屬代謝機制等相關的基因。在耐藥基因方面，發(fā)現(xiàn)了β內(nèi)酰胺類、喹諾酮類、磷霉素等抗生素相關的耐藥基因，從基因組水平上部分解釋了該菌對β內(nèi)酰胺類、喹諾酮類和磺胺類抗生素藥物耐藥的機制。在致病機制方面，發(fā)現(xiàn)P.phragmitetus31801致病性是由于其含有編碼毒力因子、鞭毛、分泌系統(tǒng)等基因。在重金屬代謝方面，發(fā)現(xiàn)其具有代謝鉻、汞、鎘等重金屬元素的基因，可以解釋該菌在重金屬代謝的潛力。以上的研究初步提示了P.phragmitetus3