腸道病毒感染后嬰幼兒咽部菌群分析.pdf

1、背景：上呼吸道感染（upper respiratory tract infection，URTI）是兒童的常見病、多發(fā)病，多由病毒感染引起，細菌感染常繼發(fā)于其后，機制不明。腸道病毒（Enterovirus，EV）是引起URTI最常見的病原體之一，流行于春末、夏季和秋初。輕者可引起普通感冒、皰疹性咽峽炎和手足口?。╤and foot and mouth disease，HFMD）等，重者甚至能導致急性心力衰竭、重癥肺炎、急性遲緩性脊髓炎和

2、敗血癥等。由于目前尚沒有有效的抗病毒藥物和疫苗，每年大范圍的流行給各國家和地區(qū)帶來了巨大的經(jīng)濟負擔，因此，尋找一種有效的預防或治療EV感染的方法具有重要意義。
　　呼吸道定植著大量細菌，在長期與人類共同進化的過程中，這些細菌與宿主機體形成了一個互利共生的狀態(tài)。它們被稱為正常菌群，參與宿主抵御感染、營養(yǎng)獲得、免疫成熟和神經(jīng)調節(jié)等過程。大量研究表明，腸道微生物菌群在病毒入侵時可能發(fā)揮雙重作用，即促進或者抵御病毒感染，運用宏基因組學方法

3、篩選得到的一種或者若干種細菌可作為益生菌治療疾病或者改善癥狀。然而，當EV入侵時，呼吸道菌群承擔著怎樣的角色尚屬未知，我們擬運用16S rDNA測序技術對EV感染后的嬰幼兒咽部菌群進行分析，以揭示EV與上呼吸道菌群的相互作用，闡明其致病機制為EV感染的治療提供新思路。
　　方法：1.在第四軍醫(yī)大學西京醫(yī)院兒科門診隨機收集符合入組條件的患兒的臨床資料和口咽拭子，入組條件為：1）由兒科主治醫(yī)師診斷為URTI；2）1月內未服用抗生素、益

4、生菌和激素等；3）平素體健，1月內未患任何感染性疾?。?）自愿參與調查并簽署知情同意書。在西京醫(yī)院預防保健科募集正常對照，其入組條件參照病例組（第一條除外）。運用Copan ESWAB標本運送系統(tǒng)采集樣本，采用Epidata軟件設計問卷并錄入臨床資料。2.運用Luminex xTAG? RVP FAST試劑盒檢測呼吸道病毒。3.若EV為陽性，則提取樣本的全基因組DNA，擴增細菌16S rDNA V3-V4區(qū)，搭載 Illumina Mi

5、seq平臺進行測序，用生物信息學方法分析數(shù)據(jù)。4.運用 SPSS17.0作統(tǒng)計學分析，用GraphPad Prism5作圖。
　　結果：1.2015年5-7月期間，本課題共募集到96名URTI患兒和15名健康嬰幼兒。96個URTI樣本中，79例檢出病毒，病毒檢出率為82.29％，其中EV、EV+其他病毒混合感染、除EV外其他病毒混合感染、副流感病毒2型、副流感病毒3型，冠狀病毒OC43分別占37.50%、11.46%、9.38%、

6、6.25%、5.21%和5.21%。以3歲以下EV感染的嬰幼兒為研究對象，共24位感染者，平均年齡19.17月，男:女=14:10；15位健康對照的平均年齡為19.27月，男:女=10:5。此外，我們還隨機選取了3名EV+其他病毒混合感染的嬰幼兒和3名年齡大于3歲的兒童的咽拭子進行了菌群改變的初步探索。
　　2.Illumina Miseq測序并對原始序列處理后，共獲得1,120,649條高質量的16S rDNA序列，平均每個樣品

7、（共45個樣品）24,903條序列。
　　1）EV感染組較健康對照組，口咽部菌群多樣性降低，p=0.482，差異無統(tǒng)計學意義。在門水平，EV感染組梭桿菌門豐度顯著增加，p=0.0098，F(xiàn)DR=0.0098；在屬水平，假單胞菌屬豐度降低，p=0.0293，F(xiàn)DR=0.0293，孿生球菌屬和無類別的纖毛菌屬豐度明顯增加，前者 p=0.0034，F(xiàn)DR=0.0102，后者 p=0.0192，F(xiàn)DR=0.0288。孕周、生產(chǎn)方式、喂養(yǎng)方

8、式、白細胞數(shù)、中性粒細胞百分比對腸道病毒感染組樣本的菌群構成的影響沒有統(tǒng)計學意義。
　　2）EV感染組內，無皰疹組較有皰疹組和對照組，菌群多樣性下降， p值依次是0.0111，0.0392。在物種豐度分析中，有皰疹組和無皰疹組菌群結構在門水平和屬水平均沒有明顯差異。
　　3）混合感染組較 EV感染組菌群多樣性顯著降低，p=0.0020，梭桿菌門相對豐度降低，p=0.0409，菌群構成個體差異大。
　　4）大于3歲兒童咽