洋蔥伯克霍爾德氏菌ATCC17616復(fù)制起始區(qū)的序列分析及驗證.pdf

1、 洋蔥伯克霍爾德氏菌 洋蔥伯克霍爾德氏菌 ATCC 17616 復(fù)制起始 區(qū)的序列分析及驗證 復(fù)制起始 區(qū)的序列分析及驗證 Analysis and Validate the Replication Origin of Burkholderia multivorans ATCC 17616 學(xué)科專業(yè)：生物化工 研 究 生：蔡宇航 指導(dǎo)教師：甘一如 教授 天津大學(xué)化工學(xué)院 二零一三年六月 摘 要 DNA 復(fù)制是指在細胞分裂以前，DN

2、A 雙鏈進行的復(fù)制過程，是生物遺傳的基礎(chǔ)，主要包括引發(fā)、延伸及終止三個階段。其中，復(fù)制起始是細菌細胞生命周期中的一個中心事件，對于 DNA 復(fù)制起始區(qū)的識別也就成為研究 DNA 復(fù)制起始過程的一個重要基礎(chǔ)階段。 目前對于細菌復(fù)制起始區(qū)的預(yù)測及確定工作并沒有得到廣泛的開展， 尤其是對于多染色體菌種復(fù)制起始區(qū)的預(yù)測及驗證工作尚處于基本空白的狀態(tài)。 但是隨著全基因組測序技術(shù)的快速發(fā)展， 相應(yīng)的復(fù)制起始區(qū)預(yù)測及確定工作也應(yīng)得到廣泛發(fā)展。 本課題

3、利用天津大學(xué)生物信息中心所研發(fā)的細菌基因組復(fù)制起始區(qū)預(yù)測算法 Ori-Finder 軟件對 Burkholderia multivorans ATCC 17616 菌種的復(fù)制起始區(qū)進行預(yù)測，利用分子克隆的方法得到預(yù)測核酸產(chǎn)物及已知的復(fù)制起始蛋白， 通過蛋白與核酸相互作用實驗， 驗證軟件預(yù)測結(jié)果的準(zhǔn)確性，為其能夠廣泛應(yīng)用于細菌基因組復(fù)制起始區(qū)的預(yù)測工作， 以及從海量基因組數(shù)據(jù)中高效提取有用的信息奠定了重要的理論和實驗基礎(chǔ)。 首先，利用分子

4、克隆的方法，根據(jù)軟件預(yù)測信息，構(gòu)建 ATCC 17616 菌種三條染色體復(fù)制起始區(qū)克隆載體 pSURE-T-oriC，進一步擴增得到 oriC 的準(zhǔn)確序列產(chǎn)物。然后，根據(jù) NCBI 上提供的菌種信息，構(gòu)建已知的 ATCC 17616 復(fù)制起始蛋白表達載體 pET28a-dnaA，并對蛋白進行表達純化。最后，利用 EMSA 方法對 dnaA 與 oriC 的相互作用關(guān)系進行驗證。從已知的 dnaA 與預(yù)測得到的三條染色體 oriC相互作用