下一代測序技術(shù)在乙型病毒性肝炎相關(guān)性肝細(xì)胞肝癌遺傳研究中的應(yīng)用.pdf

1、研究背景和目的：肝細(xì)胞肝癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）是全球常見的惡性腫瘤之一，每年的發(fā)病率約為523,432例，其中中國約占56％。肝細(xì)胞肝癌的病因包括：乙型和丙型病毒性感染、酗酒、黃曲霉素以及非酒精性脂肪肝等。目前，對于HCC腫瘤發(fā)生的分子機(jī)制有很多進(jìn)展。肝癌組織中存在大量基因組的改變，包括染色體結(jié)構(gòu)異常以及單核苷酸變異等，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)突變基因與腫瘤的發(fā)展有重要關(guān)系(例如抑癌基因TP53)。雖然目前有部

2、分研究描述了HCC的體細(xì)胞突變模式，但肝細(xì)胞肝癌與癌旁肝硬化組織中體細(xì)胞突變模式并未被深入研究。
　　方法：
　　1.我們對13例乙肝相關(guān)的肝細(xì)胞肝癌組織、癌旁肝硬化組織以及外周血進(jìn)行了全外顯子組測序。
　　2.構(gòu)建生物信息學(xué)平臺(tái)，對高通量測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。
　　3.識(shí)別腫瘤組織體細(xì)胞突變及描述HCC突變模式。
　　結(jié)果：每個(gè)樣本全外顯子組測序產(chǎn)生了大約1.06億個(gè)reads，平均覆蓋深度110層。我們發(fā)現(xiàn)

3、在不同的HCC樣本中體細(xì)胞突變的發(fā)生率存在明顯差異。我們共識(shí)別到了6,972個(gè)非沉默性突變（類型包括：錯(cuò)義性突變、無義突變、剪切位點(diǎn)以及翻譯起始位點(diǎn)），在體細(xì)胞突變中，T到A或A到T的顛換所占比例最高，其次是C到T或G到A的顛換，C到A或G到T的顛換。我們發(fā)現(xiàn)相關(guān)基因的體細(xì)胞突變并未在乙肝相關(guān)性肝硬化組織中累積。另外，我們識(shí)別了兩個(gè)顯著突變的基因（TP53和KRTAP4-3），這兩個(gè)基因可能是肝細(xì)胞肝癌發(fā)生的“driver”基因。