重樓屬DNA條形碼篩選與鑒定方法研究.pdf

1、DNA條形碼是一種利用短的、標(biāo)準(zhǔn)的DNA片段鑒定物種的新興技術(shù)。本論文旨在評(píng)價(jià)DNA條形碼候選序列對(duì)重樓屬的鑒定作用，探討重樓屬植物鑒定新方法，另外，以百合綱ITS2序列作為研究對(duì)象，對(duì)DNA條形碼鑒定算法進(jìn)行比較，并考察其鑒定效率。本研究對(duì)重樓屬11個(gè)物種17份樣品的psbA-trnH、rpoB、rpoC1、rbcL、matK和ITS2序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增和測(cè)序，比較各序列擴(kuò)增和測(cè)序效率、種內(nèi)和種間變異，進(jìn)行barcoding gap分

2、析，采用BLAST1和Nearest Distance方法評(píng)價(jià)不同序列的鑒定能力。以百合綱ITS2序列作為研究對(duì)象，在廣泛的分類類群中考查ITS2序列的鑒定能力，討論相似性搜索算法、基于序列比對(duì)的距離算法、基于隱馬爾科夫模型的HMM算法以及診斷算法在DNA條形碼鑒定中的能力。
　　 本文的主要研究結(jié)果如下：
　　 1、ITS2序列在所研究的重樓屬植物中的擴(kuò)增和測(cè)序成功率均為100％，其種內(nèi)種間變異、barcoding g

3、ap與其他DNA條形碼候選序列相比具有明顯的優(yōu)勢(shì)，ITS2序列在重樓屬中的鑒定成功率達(dá)到100％，而生命條形碼聯(lián)盟(CBOL)推薦的matK和rbcL序列的鑒定成功率分別為52.9％和5.9％，二者聯(lián)合鑒定能力沒有提高。對(duì)于ITS2序列擴(kuò)大至29個(gè)物種(含10個(gè)變種)67份樣品依然具有100％的鑒定成功率。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，ITS2序列可以準(zhǔn)確鑒定重樓屬植物，能夠正確區(qū)分重樓及其混偽品。
　　 2、以百合綱ITS2序列作為研究對(duì)象，

4、比較BLAST、HMM、K2P Distance和DNA-BAR方法，同時(shí)考查了百合綱ITS2序列的鑒定能力，得出BLAST和HMM方法在DNA條形碼鑒定中具有顯著優(yōu)勢(shì)，不僅準(zhǔn)確性和精確度較高，并且耗時(shí)短，適合于大規(guī)模批量化鑒定。ITS2序列在百合綱中的鑒定能力顯著，證明了ITS2序列在廣泛的分類類群中同樣具有高的鑒定能力。
　　 3、對(duì)百合綱ITS2序列進(jìn)行特征分析，結(jié)果顯示百合綱ITS2序列長(zhǎng)度穩(wěn)定，主要集中在214-260