基于剛體動(dòng)力學(xué)模型對(duì)我肽折疊的分子動(dòng)力學(xué)模擬.pdf

1、蛋白質(zhì)折疊的研究是生命科學(xué)的前沿課題之一，近些年來除了常規(guī)方法和技術(shù)手段，利用計(jì)算機(jī)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬已經(jīng)成為研究蛋白質(zhì)折疊的一種重要研究手段。但是許多人們感興趣的生物現(xiàn)象都發(fā)生在毫秒甚至更長的時(shí)間內(nèi)，而對(duì)于較大的生物體系的全原子模擬時(shí)間卻很難達(dá)到。為了克服這個(gè)困難，同時(shí)又要保證計(jì)算精度，已經(jīng)有很多理論方法被提出，如粗?；椒ê蛣傮w動(dòng)力學(xué)方法。本文我們針對(duì)不同的蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)建立了合適的剛體動(dòng)力學(xué)模型，然后利用TINKER軟件包模擬蛋白

2、質(zhì)的折疊過程。本文的主要內(nèi)容包括：
　　 (1)對(duì)丙氨酸飽和多肽鏈的折疊進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，根據(jù)丙氨酸飽和多肽鏈的分子結(jié)構(gòu)劃分了兩種剛體結(jié)構(gòu)，基于剛體動(dòng)力學(xué)模型對(duì)17個(gè)丙氨酸飽和多肽鏈的折疊做分子動(dòng)力學(xué)模擬，并選擇在五種不同的力場(AMBER99、CHARMM27、OPLSAA、AMBER99SB和AMOEBAPRO)下分別進(jìn)行。然后改變丙氨酸飽和多肽鏈中丙氨酸殘基的數(shù)目，選擇9個(gè)和13個(gè)丙氨酸飽和多肽鏈基于剛體動(dòng)力學(xué)模型進(jìn)行相

3、同條件下的分子動(dòng)力學(xué)模擬。需要注意的是這里所有剛體動(dòng)力學(xué)的模擬結(jié)果都要與全原子模擬結(jié)果做對(duì)比，基于不同剛體結(jié)構(gòu)的動(dòng)力學(xué)模擬結(jié)果也要相互進(jìn)行對(duì)比研究。結(jié)果表明剛體動(dòng)力學(xué)模型對(duì)丙氨酸飽和多肽鏈折疊的模擬不僅與剛體結(jié)構(gòu)劃分、力場的選擇有關(guān)，還與殘基數(shù)目的多少有關(guān)。另外剛體動(dòng)力學(xué)模擬在計(jì)算速度方面要比全原子模擬快。
　　 (2)為了進(jìn)一步拓展剛體動(dòng)力學(xué)模型，本文又對(duì)2I9M飽和多肽鏈的折疊進(jìn)行了分子動(dòng)力學(xué)模擬，根據(jù)2I9M飽和多肽鏈的分