基于粗粒化模型對(duì)有機(jī)溶劑的分子動(dòng)力學(xué)模擬.pdf

1、這篇論文介紹了基于電多極展開(kāi)勢(shì)(EMP)和Gay—Berne(GB)勢(shì)的粗?；肿恿W(xué)模型．把有機(jī)小分子處理成單軸的橢球體，用各向異性的GB函數(shù)表示兩個(gè)單軸橢球體之間的相互作用勢(shì)，從而實(shí)現(xiàn)了對(duì)van der Waals相互作用勢(shì)的粗?；?。分子體系的電荷分布由電多極展開(kāi)表示，包括位于質(zhì)心處的點(diǎn)電荷，偶極矩和四極矩。在基于Boltzmann分布對(duì)四種基本的分子構(gòu)象進(jìn)行了Monte Carlo取樣之后，通過(guò)與全原子模型的van derWaal

2、s相互作用勢(shì)比較得到了GB參數(shù)。又在對(duì)用量子化學(xué)方法計(jì)算得到的分子體系的靜電相互作用勢(shì)進(jìn)行了電荷，偶極矩和四極矩的擬合之后，得到了EMP參數(shù)。
　　 利用得到的粗粒化參數(shù)，基于此粗?；Ｐ停疚膶?duì)CHCl3，CH2Cl2，C5H5N，DMF，DMSO，THF六種有機(jī)小分子進(jìn)行了分子動(dòng)力學(xué)模擬，并將其結(jié)果同全原子模型進(jìn)行了比較。計(jì)算得到的結(jié)果表明了用此粗?；Ｐ蛷恼w上能夠重復(fù)全原子模型的結(jié)果，但是在某些細(xì)節(jié)的計(jì)算上與全原子模型有

3、些偏差，其因?yàn)榭赡苁窃谀壳暗墓ぷ髦袃H僅考慮了單個(gè)位點(diǎn)的情況。因此，今后在對(duì)具有復(fù)雜結(jié)構(gòu)的分子體系進(jìn)行粗粒化模擬時(shí)還應(yīng)該考慮合理地放置相互作用位點(diǎn)以及增加相互作用位點(diǎn)的數(shù)目。用此粗?；Ｐ瓦M(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬的主要優(yōu)點(diǎn)是它可以在保證能夠獲得一定精度的條件下較大幅度地提高了計(jì)算的效率，這主要是由于用粗?；腉B—EMP相互作用代替了多對(duì)原子之間的相互作用，從而減少了自由度的數(shù)目。另外的一個(gè)重要的因素是忽略了鍵長(zhǎng)，鍵角和二面角的高頻運(yùn)動(dòng)，使增大