基于凝膠電泳的蛋白質(zhì)組研究策略及應(yīng)用.pdf

1、人類基因組全序列測定的完成,標(biāo)志著一個嶄新的時代-后基因組時代的來臨.生命科學(xué)從大規(guī)模的基因組序列分析轉(zhuǎn)向?qū)蚬δ艿难芯?蛋白質(zhì)組學(xué)研究已成為21世紀(jì)生命科學(xué)的熱點領(lǐng)域.開展大規(guī)模蛋白質(zhì)組研究的必備條件是高分辨蛋白質(zhì)分離技術(shù)和高通量、高靈敏度的鑒定技術(shù).因此在該研究的第一部分首先優(yōu)化了堿性蛋白質(zhì)和超放大窄范圍膠(Zoom gel)的二維電泳(2-DE)分離條件,并利用優(yōu)化后的參數(shù),建立高分辨胎肝全蛋白2-DE表達(dá)譜,分辨蛋白質(zhì)點達(dá)到5

2、487個.隨后,探索了膠內(nèi)蛋白質(zhì)鑒定的策略,建立了基于2-DE的高通量膠上蛋白質(zhì)點鑒定技術(shù).同樣,在該研究的第二部分優(yōu)化了一維凝膠電泳和液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜聯(lián)合的復(fù)雜蛋白質(zhì)混合物鑒定技術(shù).利用上述建立的蛋白質(zhì)組學(xué)研究技術(shù)體系,開展人胎肝蛋白質(zhì)組表達(dá)譜研究.4-6月孕齡的人胎肝除具備正常肝生理功能外,還是胚內(nèi)至關(guān)重要的造血器官,造血、免疫系統(tǒng)干祖細(xì)胞的主要來源.大規(guī)模的胎肝蛋白質(zhì)組分析,將很有可能發(fā)掘與增殖、造血與發(fā)育相關(guān)的功能蛋白質(zhì).利用亞

3、細(xì)胞蛋白質(zhì)組技術(shù)、三種基于凝膠電泳的分離模式和多種質(zhì)譜鑒定方法相結(jié)合,共計鑒定非冗余人胎肝蛋白質(zhì)1045個,其中902個為功能己知的蛋白質(zhì),143個為首次從胎肝中發(fā)現(xiàn)的新蛋白.在此基礎(chǔ)上,對己鑒定的蛋白質(zhì)進(jìn)行了系統(tǒng)地功能分類和相對豐度分析,并與9個其它相關(guān)蛋白質(zhì)組表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較分析,獲得了一批與正常肝、肝癌、造血和發(fā)育時期相關(guān)的蛋白質(zhì).腫瘤蛋白標(biāo)志物的發(fā)掘是蛋白質(zhì)組學(xué)的一個重要應(yīng)用.在論文的第二部分,開展了肺癌細(xì)胞無血清培養(yǎng)分泌蛋

4、白質(zhì)組研究.共收集4對配對和一個腫瘤標(biāo)本的無血清培養(yǎng)上清,全部采用SDS-PAGE和串聯(lián)質(zhì)譜鑒定,對配對樣品進(jìn)行差異蛋白質(zhì)組分析,共鑒定非冗余分泌蛋白質(zhì)238個.與己知血清蛋白庫、全尿蛋白庫進(jìn)行同源比對分析表明,有153個蛋白質(zhì)是首次從分泌蛋白體系中檢出.9個用臨床ELISA檢測的蛋白質(zhì),無一例外地從人血清中檢出,大部分蛋白質(zhì)的差異表達(dá)模式與質(zhì)譜結(jié)果相符,可用于指導(dǎo)進(jìn)一步的臨床腫瘤相關(guān)標(biāo)志物篩選.總之,通過該研究,首先建立了大規(guī)模的人胎