蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜數(shù)據(jù)預(yù)處理新策略研究及應(yīng)用.pdf

1、蛋白質(zhì)是一切生命活動(dòng)的執(zhí)行體，在各種生化反應(yīng)、控制遺傳、新陳代謝、抵抗疾病等方面起著舉足輕重的作用。蛋白質(zhì)組學(xué)研究已成為最重要的生命科學(xué)領(lǐng)域之一，它旨在闡明細(xì)胞或者組織內(nèi)所有表達(dá)的蛋白，生物質(zhì)譜技術(shù)在研究蛋白表達(dá)方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。由于質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的大量的物理化學(xué)噪聲、同位素離子峰、離子碎裂模式可能出現(xiàn)的不規(guī)則碎片離子峰和離子缺失、數(shù)據(jù)庫(kù)檢索鑒定算法的缺陷等，使得能有效利用的質(zhì)譜數(shù)據(jù)只占整個(gè)譜峰數(shù)據(jù)的很少一部分。因此，必須采取合適的數(shù)

2、據(jù)的預(yù)處理方法和搜索策略及搜索鑒定結(jié)果的優(yōu)化策略，以提高肽序列鑒定得分，從而提高蛋白鑒定的覆蓋率和準(zhǔn)確度。 本文對(duì)質(zhì)譜技術(shù)所產(chǎn)生的大規(guī)模實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和理論數(shù)據(jù)分別進(jìn)行了預(yù)處理。首先，從理論上分別探討了半小數(shù)規(guī)則、色譜保留時(shí)間、質(zhì)譜峰強(qiáng)度、衍生離子簇信號(hào)、碎片離子的完整性以及多肽母離子質(zhì)量等因素對(duì)蛋白質(zhì)檢索鑒定產(chǎn)生的影響，并提出了利用半小數(shù)規(guī)則和結(jié)合色譜保留時(shí)間信息的濾波策略，適當(dāng)調(diào)整質(zhì)譜峰強(qiáng)度，完整碎片信息等策略對(duì)理論質(zhì)譜數(shù)據(jù)及局

3、部實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行了預(yù)處理，從微觀層面驗(yàn)證策略的可行性。 由于理論模型是依據(jù)理想狀況而建立，而實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中摻雜了許多不可預(yù)測(cè)的影響因素，本文又運(yùn)用這些策略對(duì)大規(guī)模實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行了預(yù)處理，即從宏觀角度上對(duì)以上策略進(jìn)行了探討。針對(duì)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的差異性，我們又對(duì)這些策略加以組合和優(yōu)化，通過(guò)討論分析策略中的參數(shù)設(shè)置和策略的組合方式，得到最優(yōu)的方案。比較結(jié)果發(fā)現(xiàn)，策略組合和優(yōu)化的方案不僅能提高體系中真實(shí)蛋白的鑒定得分，而且從一定程度上鑒別了偽存蛋白