紫菜cSSR引物的開(kāi)發(fā)、應(yīng)用及AFLP分析.pdf

1、紫菜作為大型經(jīng)濟(jì)海藻，由于其基因組較小，生長(zhǎng)周期中具有單倍體和雙倍體的世代交替現(xiàn)象，是研究海藻遺傳發(fā)育較好的模式植物。然而在開(kāi)發(fā)利用紫菜資源的過(guò)程中，種質(zhì)問(wèn)題長(zhǎng)期以來(lái)一直是困擾其生產(chǎn)的嚴(yán)重問(wèn)題。本研究用SSR和AFLP分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)紫菜材料進(jìn)行了分析。 本研究首次報(bào)道了紫菜cSSR引物的開(kāi)發(fā)及其在種質(zhì)鑒定中的應(yīng)用。從已經(jīng)公布的20779個(gè)紫菜EST序列中，共找出SSRs(長(zhǎng)度至少20bp)392個(gè)，包含在201個(gè)EST序列中，刪

2、除重復(fù)的序列，最終共得到65個(gè)SSR-ESTs。根據(jù)SSR側(cè)翼序列設(shè)計(jì)了48對(duì)cSSR引物，其中，41對(duì)引物能在大多數(shù)材料中擴(kuò)增出條帶，用這些引物對(duì)22個(gè)紫菜材料進(jìn)行SSR分析。選用擴(kuò)增條帶清楚的21對(duì)引物共94個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行了聚類分析，從引物PC01，PC11，PC12，PC28擴(kuò)增的條帶中選擇12條擴(kuò)增和重復(fù)性較好的帶，構(gòu)建了這22個(gè)材料的指紋圖譜。用所開(kāi)發(fā)的cSSR引物在其他海藻中進(jìn)行PCR擴(kuò)增分析，結(jié)果顯示，沒(méi)有一對(duì)引物能在所有選用

3、的材料中擴(kuò)增出相同的條帶。 為驗(yàn)證cSSR分析的結(jié)果，隨機(jī)選用24對(duì)引物組合對(duì)27個(gè)紫菜材料進(jìn)行了AFLP分析，選用擴(kuò)增條帶多而且清楚的9個(gè)引物組合共511個(gè)擴(kuò)增位點(diǎn)進(jìn)行聚類分析。從引物組合M-CGA/E-AA和M-CGA/E-TA的擴(kuò)增產(chǎn)物中選擇13條帶構(gòu)建了27個(gè)紫菜的指紋圖譜。通過(guò)AFLP分析，共獲得21個(gè)特異的AFLP標(biāo)記，迄今對(duì)8條特異性條帶進(jìn)行了回收，克隆和測(cè)序，其中6條測(cè)序成功，2條AFLP標(biāo)記順利轉(zhuǎn)成SCAR標(biāo)記