PITX2基因多態(tài)性與先天性心臟病相關研究.pdf

1、目的：本課題的研究重點是應用生物信息學的研究方法與研究工具，對與CHD相關的PITX2基因c亞型的編碼區(qū)SNPs進行分析、篩選，確定可能影響基因功能的SNPs位點。進而在CHD與健康對照人群中用實驗的方法對所得SNPs位點予以驗證，探討其與中國人群CHD的相關性，為預防和減少CHD的發(fā)生及制定CHD防治對策提供科學理論依據。
　　 方法：⑴利用NCBI網站SNPs數據庫查找PITX2基因c亞型編碼區(qū)所有SNPs，同時運用在線生物

2、信息學工具SNPper軟件查找PITX2基因c亞型編碼區(qū)的非同義SNPs。比較兩種查詢結果，參考相關文獻，最終確定所要研究的SNPs位點。⑵進行臨床數據資料和臨床標本收集和整理。采用病例-對照研究方法，采集入組CHD患者和健康對照組患者外周血2ml，以枸櫞酸鈉抗凝，于-80℃保存?zhèn)溆?。⑶基因測序并評價SNPs位點和CHD的相關性。血液基因組DNA提取→引物準備→PCR擴增目的片段→PCR產物的鑒定→PCR產物測序→數據分析。運用SPSS

3、17.0軟件進行相關數據分析：Hardy-Weinberg遺傳平衡檢測樣本是否符合孟德爾遺傳規(guī)律；病例-對照組間SNPs位點等位基因頻率及基因型頻率的比較，各基因型與CHD發(fā)病危險性的關系。
　　 結果：①確定的PITX2基因2個SNPs位點分別為rs1051887:316G>C(Glu106Gln)，rs28936409:272G>C(Arg91Pro)。②本研究所涉及的2個SNPs，rs1051887及rs28936409，

4、在病例及對照組中均未見多態(tài)性結果。③綜合dbSNP數據庫和SNPper軟件的檢索結果，確定本實驗首次發(fā)現了PITX2基因的304C>G(Glu102Gln)位點存在C/G基因型，該SNP位于PITX2基因同源結構域內的外顯子5內，mRNA序列第942位C→G，導致第102個氨基酸由谷氨酸(Glu，E)→谷氨酰胺(Gln，Q)，屬非同義cSNP。④數據分析結果顯示，全部3個SNPs位點的病例組及對照組的基因型分布經Hardy-Weinbe

5、rg遺傳平衡檢測無差異(P>0.05)，即樣本符合孟德爾遺傳規(guī)律。⑤本研究新發(fā)現的PITX2基因SNP位點304C>G(Glu102Gln)，病例-對照研究發(fā)現，CHD組的CG基因型頻率高于對照組(x2=7.177，P<0.05)，且等位基因的頻率亦高于對照組(x2=5.566，P<0.05)，CG基因型的OR=2.667，所以CG基因型使CHD發(fā)生的危險度增加。⑥PITX2基因新的SNPs位點304C>G(Glu102Gln)，病例-

6、對照研究發(fā)現，間隔缺損類CHD組CG基因型頻率高于對照組(x2=6.400，P<0.05)，且等位基因的頻率亦高于對照組(x2=5.120，P<0.05)，CG基因型OR=2.778，所以CG基因型使間隔缺損類CHD發(fā)生的危險度增加。⑦PITX2基因新的SNPs位點304C>G(Glu102Gln)，病例-對照研究發(fā)現，心血管畸形類CHD組的CG基因型頻率高于對照組(x2=11.868，P<0.05)，且等位基因的頻率亦高于對照組(x2

7、=9.351，P<0.05)，CG基因型OR=4.000，所以CG基因型使血管畸形類CHD發(fā)生的危險度增加。
　　 結論：⑴通過對PITX2基因進行生物學信息分析，綜合dbSNP數據庫和SNPper軟件的檢索結果，參考相關文獻，選擇位于PITX2基因外顯子5內兩種檢索方法共有的SNPs，分別確定SNP位點：rs1051887:316G>C(Glu106Gln)及rs28936409：272G>C(Arg91Pro)，并將其作為本

8、組研究的PITX2基因的SNPs。⑵選定的2個SNPs：rs1051887:316G>C(Glu106Gln)及rs28936409:272G>C(Arg91Pro)在病例-對照組中均未見多態(tài)性結果，推測上述2個SNPs位點可能與本組CHD的發(fā)生無關。⑶綜合dbSNP數據庫和SNPper軟件的檢索結果，確定本研究首次發(fā)現存在一個新的SNP位點304C>G(Glu102Gln)。直接測序結果發(fā)現位于PITX2基因外顯子5內，發(fā)現了該位點C