拮抗菌TerribacillusaidingensisMP602生物學(xué)特性及全基因組測(cè)序.pdf

1、MP602菌株是一株從天目山柳杉上分離到的細(xì)菌，對(duì)番茄灰霉、串珠鐮刀、棉花枯萎、小麥紋枯、芹菜斑枯、桃褐斑、小麥長(zhǎng)喙霉、西瓜枯萎、百合根腐、番茄早疫等植物病原真菌具有顯著的拮抗效果。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)該菌株為革蘭氏陽性菌，可生長(zhǎng)的溫度范圍為：3~44℃，最佳生長(zhǎng)溫度為32~37℃；可生長(zhǎng)NaCl濃度范圍：1％~14%，最佳生長(zhǎng)濃度為：1%~4%；經(jīng)過Biolog確定，在檢測(cè)的71種碳源中，MP602可較強(qiáng)利用21種碳源，對(duì)其它50種碳源不能利

2、用或利用能力弱，結(jié)合16S rDNA序列比對(duì)，確定該細(xì)菌為Terribacillus aidingensis。抑菌譜實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，MP602主要是通過分泌一種能夠抑制病原菌生長(zhǎng)的拮抗代謝物發(fā)揮作用。
　　為進(jìn)一步挖掘該細(xì)菌的生防功能基因，本研究完成了T. aidingensis MP602的全基因組測(cè)序。本研究將傳統(tǒng)的Sanger測(cè)序方法（Sanger dideoxy sequencing）與Illumina高通量測(cè)序法相結(jié)合，利

3、用Velvet1.2.10軟件進(jìn)行基因組序列拼接組裝，同時(shí)進(jìn)行必要的PCR重復(fù)序列以矯正序列，最終獲得T. aidingensis MP602基因組序列完整圖譜。結(jié)果顯示MP602的基因組由一條染色體和一個(gè)質(zhì)粒組成，其中染色體的長(zhǎng)度為3,488,643 bp，G+C含量為42.76%；質(zhì)粒的長(zhǎng)度為88,439 bp，G+C含量為37.32%。建立生物信息軟件分析系統(tǒng)，使用Glimmer3對(duì)全基因組序列進(jìn)行開放閱讀框（ORFs）的預(yù)測(cè)，染

4、色體及質(zhì)粒分別編碼3,587個(gè)及103個(gè)ORF開放閱讀框；使用tRNAscan-SE程序?qū)θ旧w基因組序列進(jìn)行掃描，發(fā)現(xiàn)并注釋可能的tRNA數(shù)量為56個(gè)；下載GeneBank的nr數(shù)據(jù)庫、Tr-EMBL數(shù)據(jù)庫、Swiss-prot蛋白數(shù)據(jù)庫，COG數(shù)據(jù)庫，對(duì)基因功能進(jìn)行預(yù)測(cè)及分類信息、結(jié)構(gòu)域信息的二次注釋。本株細(xì)菌作為Terribacillus屬首次進(jìn)行全基因組測(cè)序的細(xì)菌，將注釋結(jié)果提交GenBank，獲得該菌株染色體及質(zhì)粒的序列登錄號(hào)