ChIP-Seq中DNA模體挖掘工具的比較.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、下一代測序技術(shù)，尤其是ChIP-Seq技術(shù)的普及，產(chǎn)生了一系列大數(shù)據(jù)量、高復(fù)雜度的數(shù)據(jù)。而DNA模體的挖掘，是ChIP-Seq數(shù)據(jù)功能分析的一個很重要的模塊。目前，已有大量的軟件能夠從Peak-Calling的數(shù)據(jù)中尋找出模體。但是我們對于這些軟件的信息所知甚少。直至目前為止還沒有專注于轉(zhuǎn)錄因子的ChIP-Seq數(shù)據(jù)的軟件比較。
　　因此本文挑選了6款軟件MEME、DREME、CHIPMUNK、RSAT-peak motif、HO

2、MER和 SIOMICS。使用了4個物種 Mus musculus、Homo sapiens、Drosophila melanogaster、Saccharomyces cerevisiae的37套真實數(shù)據(jù)對這六款軟件進行了運行時間、模體數(shù)目、模體長度分布的測試；4個物種 Homo sapiens、Mus musculus、Drosophila melanogaster、Caenorhabditis Elegans的模擬數(shù)據(jù)對軟件的準(zhǔn)確

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