基于ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析前列腺癌中雄激素受體相關(guān)基因.pdf

1、碩士學(xué)位論文論文題目基于ChIPSeq數(shù)據(jù)分析前列腺癌中雄激素受體相關(guān)基因研究生姓名荊鑫華指導(dǎo)教師姓名沈百榮專業(yè)名稱系統(tǒng)生物學(xué)研究方向組學(xué)數(shù)據(jù)整合、分析和軟件論文提交日期2013年4月基于ChIPSeq數(shù)據(jù)分析前列腺癌中雄激素受體相關(guān)基因摘要中文摘要I基于ChIPSeq數(shù)據(jù)分析前列腺癌中雄激素受體相關(guān)基因中文摘要雄激素受體（AR）是屬于核受體超家族中一種非常重要的類固醇受體。在細胞內(nèi)AR的主要功能是作為轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合調(diào)控基因表達。

2、雖然雄激素受體在前列腺癌治療中扮演重要角色，但是它的作用機制還不是很清楚。本文利用前列腺癌相關(guān)的ChIPSeq數(shù)據(jù)，對雄激素受體在基因組上的結(jié)合位點做了生物信息學(xué)的注釋和分析，以期找到在前列腺癌中AR相關(guān)的生物調(diào)控通路。對來自于三種前列腺癌細胞系的6組數(shù)據(jù)的分析發(fā)現(xiàn)，AR在基因組上的結(jié)合區(qū)大部分落在內(nèi)含子上，平均比例約為83.46%而其它的16.54%則分別落在啟動子，增強子，外顯子，3’UTR區(qū)，5’UTR區(qū)，轉(zhuǎn)錄起始位點下游區(qū)和基因

3、間區(qū)。查找AR結(jié)合的啟動子序列發(fā)現(xiàn)了4條新的AR結(jié)合序列的motif。對AR調(diào)控的基因功能富集分析得到了21個GeneOntology條目，1條KEGG通路和26條GeneGo通路。分別對基因和富集通路之間的重復(fù)性分析驗證了不同數(shù)據(jù)集的分子特征在系統(tǒng)水平上的相似性高于基因水平上的相似性。對26條GeneGo通路的文獻報道驗證發(fā)現(xiàn)其中5條被之前的研究報道過，其它的21條為新通路，并通過前列腺癌相關(guān)的基因表達數(shù)據(jù)和micrNA數(shù)據(jù)驗證了它們