蛋白質(zhì)相互作用界面熱點殘基的預測研究方法.pdf

1、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)之間相互作用在細胞功能的各個方面如新陳代謝和信號傳導中起著至關重要的作用。對蛋白質(zhì)相互作用的分子機制的研究表明蛋白質(zhì)界面上小部分殘基對結合自由能的貢獻很大，并且它們對維持蛋白質(zhì)的穩(wěn)定起著積極的作用。鑒別蛋白質(zhì)作用界面的熱點殘基對于藥物設計和研究癌癥具有非常重要的意義。目前，通過生物實驗技術來發(fā)現(xiàn)熱點殘基的方法，因其代價高不能被廣泛的應用，因此，需要利用機器學習的方法來研究熱點殘基預測的問題。
　　本文提出了一種可靠的

2、熱點殘基預測的方法。針對每個殘基，本文提取108種序列、結構和殘基的微環(huán)境特征（包括傳統(tǒng)的特征以及本文中提出的偽疏水性特征）。然后利用兩步特征選擇法，包括最小冗余最大相關性算法和窮舉法，選擇出最佳的3個特征。
　　本文利用支持向量機來構建模型。和其他預測方法比較，本文的預測結果是最好的，F(xiàn)1和MCC分別達到了0.70和0.46。預測結果表明，通過本文的方法選取的3個特征比那些傳統(tǒng)的特征更加有效，同時表明，結構和物理化學方面的特征是