對基因間相互作用的研究和基因調(diào)控網(wǎng)絡預測.pdf

1、該文中我們先應用改進后的微分方程模型對基因調(diào)控網(wǎng)絡進行了推測.以往的微分方程模型由于方程中的參數(shù)個數(shù)遠遠大于實際的時間點的個數(shù)的緣故,沒能將微分方程應用于基因組水平的真實測量數(shù)據(jù);而這種改進后的微分方程不是通過直接確定參數(shù)值,而是將多元回歸分析應用于方程,從而由真實的芯片試驗數(shù)據(jù)推測基因調(diào)控網(wǎng)絡.在實施微分方程算法推測基因調(diào)控網(wǎng)絡的過程中,我們發(fā)現(xiàn)這一模型對結(jié)果的表達不太令人滿意,因而該文又研究了平滑響應表面(SRS)算法.SRS算法可

2、用來分析基因表達數(shù)據(jù),在基因組水平上描述促進子、抑制子和目標基因三聯(lián)體.文中我們應用SRS算法處理芽孢酵母S.cerivisiae細胞周期過程中檢測到的基因表達數(shù)據(jù),并結(jié)合生物學實際校驗推測了由某些可能對細胞周期具有非凡意義的基因所構(gòu)成的局部基因調(diào)控網(wǎng)絡圖.此外,根據(jù)計算結(jié)果,有一些基因的生物活性現(xiàn)在還沒有實驗觀測數(shù)據(jù)來明確鑒定,但它們的分值提示它們有可能值得特別的關(guān)注.此外,我們對原始SRS算法作了一定改進,并將改進后的算法應用到對基