蛋白質(zhì)-肽段全柔性對接的并行計算研究.pdf

1、本文對蛋白質(zhì)-肽段全柔性對接的并行計算進行了研究。蛋白質(zhì)-肽段復合物相關的結(jié)構(gòu)信息對于新藥的研制和設計有非常重要的作用。蛋白質(zhì)和肽段的計算對接方法可以為用實驗方法探究蛋白質(zhì)-肽段交互作用做補充。現(xiàn)實世界中,蛋白質(zhì)-肽段對接過程包含三個并行的過程:從頭折疊肽段,肽段與受體的對接和靠近肽段的一些受體柔性區(qū)域的優(yōu)化。一些現(xiàn)有的計算方法已經(jīng)被用在這幾個過程中自由度的采樣,但這些方法通常都是以順序的機制觸發(fā)運行。蛋白質(zhì)-肽段對接時受體的骨架柔性問

2、題一直以來都是計算生物學中的一個挑戰(zhàn)。目前,絕大多數(shù)的對接都是一種半柔性對接方法,然而真實的對接過程中受體也會產(chǎn)生構(gòu)象變化,包括側(cè)鏈運動、骨架運動或其它突變。本文先引入一種柔性對接方法,該方法顯式地把受體界面處的柔性區(qū)域融入到蛋白質(zhì)-肽段的對接過程中。隨后,本文又提出了一種并行化的方法,這個方法將受體柔性區(qū)域的優(yōu)化并行結(jié)合到蛋白質(zhì)-肽段的對接過程中,并將主要的三個過程并行化。并行化的對接方式能夠更好地模擬真實的蛋白質(zhì)-肽段對接過程。文使