柔性多肽片段-蛋白質(zhì)相互作用的全局對(duì)接方法研究.pdf

1、多肽對(duì)于調(diào)控人體的正常生理功能非常關(guān)鍵，因此，研究多肽與蛋白質(zhì)的相互作用機(jī)制，具有十分重要的理論意義和實(shí)際意義。目前，結(jié)構(gòu)生物學(xué)上的研究手段主要是通過多肽-蛋白質(zhì)的對(duì)接來實(shí)現(xiàn)的。已有的對(duì)接方法雖然可以預(yù)測(cè)許多已知部分互作信息的多肽-蛋白質(zhì)互作位點(diǎn)，但是，對(duì)于完全未知互作信息的多肽-蛋白質(zhì)，尚沒有比較可靠的方法。
　　本文提出了系統(tǒng)性盲對(duì)接和SP篩選法來解決上述問題。結(jié)果顯示，基本上所有的入選例子通過此種方法，均能夠找到最佳構(gòu)象（與

2、晶體結(jié)構(gòu)對(duì)比，RMSD值小于5.5?的構(gòu)象）。此外，通過與ISR-Affinity對(duì)比分析得知，大部分結(jié)果均顯示在ISR和Affinity較大的區(qū)域內(nèi)，說明通過本預(yù)測(cè)方法得到的結(jié)果同時(shí)滿足專一性強(qiáng)和親和性強(qiáng)的特點(diǎn)。為了能夠?qū)⒈痉椒☉?yīng)用到藥物設(shè)計(jì)中來，以HIV-1多肽抑制劑的設(shè)計(jì)為例，進(jìn)一步研究了基于多肽-蛋白質(zhì)對(duì)接和界面設(shè)計(jì)的藥物開發(fā)研究。通過LoopModeling實(shí)現(xiàn)多肽的全長建模，之后基于互作界面，通過Interface Desi