改進(jìn)的蛋白質(zhì)相互作用位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)相互作用位點(diǎn)的預(yù)測(cè)是當(dāng)前的一個(gè)研究熱點(diǎn)，它要研究的內(nèi)容是確定在蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)的相互作用中，某一條鏈上哪些殘基參與了作用。該研究對(duì)理解生物體活動(dòng)機(jī)制、蛋白質(zhì)功能研究、疾病診斷和藥物研究有重要意義。
　　目前研究人員預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)相互作用位點(diǎn)時(shí)所使用的特征向量主要有空間或序列上相鄰的殘基的序列譜、溶劑可及表面積、疏水性、進(jìn)化保守性等，所使用的算法主要是支持向量機(jī)和人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)。
　　本文在選取出待考察的蛋白質(zhì)鏈后，計(jì)算出相互作

2、用的位點(diǎn)用于正反例標(biāo)記，提取出常用的特征，然后在對(duì)現(xiàn)有方法大量研究的基礎(chǔ)之上，實(shí)現(xiàn)了一個(gè)已有算法，并從以下三個(gè)方面對(duì)前人的工作進(jìn)行了改進(jìn)：
　　考慮到蛋白質(zhì)在二級(jí)結(jié)構(gòu)不同的殘基上發(fā)生相互作用的概率可能不一樣，本文在現(xiàn)有方法所考慮的特征中引入二級(jí)結(jié)構(gòu)信息作為新的特征。當(dāng)在序列譜和相對(duì)溶劑可及表面積的基礎(chǔ)上引入二級(jí)結(jié)構(gòu)信息時(shí)，分類效果變得更好，當(dāng)在此基礎(chǔ)上再結(jié)合殘基的疏水性信息和殘基進(jìn)化的保守性時(shí)，結(jié)果略有下降。
　　由于蛋白質(zhì)

3、鏈中相互作用位點(diǎn)的數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于非相互作用位點(diǎn)的數(shù)量，導(dǎo)致訓(xùn)練數(shù)據(jù)中正反例比例不平衡，本文在用支持向量機(jī)分類時(shí)引入了正反例的權(quán)重，將正例的權(quán)重設(shè)為反例數(shù)與正例數(shù)的比值，將反例的權(quán)重設(shè)置為1。對(duì)同樣的特征向量，對(duì)正例加權(quán)后比未加權(quán)時(shí)效果均有提高。
　　由于支持向量機(jī)在分類時(shí)對(duì)每一類支持向量只取一個(gè)代表點(diǎn)，而有時(shí)一個(gè)代表點(diǎn)不能很好地代表該類，因此我們將支持向量及與最鄰近算法相結(jié)合，對(duì)離最優(yōu)分類面比較遠(yuǎn)的數(shù)據(jù)使用支持向量機(jī)，近的使用最鄰近