豬血小板源生長因子受體α基因(PDGFRα)cDNA克隆與表達分析.pdf

1、豬血小板源生長因子受體α是酪氨酸蛋白激酶受體家族成員之一，在脂代謝中具有潛在的調(diào)控作用。本實驗旨在克隆豬(Sus scrofa)血小板源生長因子受體α基因PDGFRα的cDNA全長并分析其組織表達譜。根據(jù)GenBank上已登錄的人(Homo sapiens)、牛(Bostaurus)和小鼠(Mus musculus)等物種的PDGFRα基因序列設(shè)計引物，利用反轉(zhuǎn)錄PCR以及RACE技術(shù)，克隆得到豬PDGFRα基因的cDNA序列。利用生物

2、信息學(xué)軟件比對多物種間核苷酸和氨基酸序列同源性，并預(yù)測豬PDGFRα蛋白的結(jié)構(gòu)與功能。分析豬PDGFRa基因在三個不同品種（金華、杜洛克和大約克）中存在的多態(tài)性。利用實時熒光定量PCR(quantitative Real-time，qRT-PCR)檢測PDGFRα基因在杜洛克豬不同組織、不同部位肌肉、不同生長階段以及不同品種中的表達水平。主要研究結(jié)果如下:
　　1、豬PDGFRα基因克隆與測序
　　測序結(jié)果分析表明，豬PDG

3、FRα基因cDNA長度為6360 bp(GenBank登錄號:KP329568)，其中開放閱讀框長度(open reading frame，ORF)為3270 bp，3'UTR為2964 bp，5'UTR為126bp，共編碼1089個氨基酸。該基因在基因組中大約橫跨148 Mb，包含23個外顯子和22個內(nèi)含子。
　　2、PDGFRα蛋白生物信息學(xué)分析
　　序列同源性分析表明，豬PDGFRa基因的核苷酸和氨基酸序列與人(Hom

4、o sapiens)、牛(Bos taurus)、綿羊(Ovis aries)、小鼠(Mus musculus)的相似性較高，且與人、牛、羊的相似性高達90％以上。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測發(fā)現(xiàn)，PDGFRα蛋白具有2個跨膜螺旋，10個N-連接糖基化修飾位點，75個磷酸化修飾位點以及1個信號肽結(jié)構(gòu)，且N端存在較強的疏水區(qū)域，C端則表現(xiàn)出較強的親水性。PDGFRα蛋白整體帶負電，呈親水性，屬于膜結(jié)合蛋白。
　　3、豬PDGFRα基因多態(tài)性分析<

5、br>　　分析PDGFRα基因在金華豬、杜洛克豬和大約克豬三個品種中的單核苷酸多態(tài)性(SNP)。測序結(jié)果共發(fā)現(xiàn)13個SNPs，其中有10個引起氨基酸發(fā)生改變。
　　4、豬PDGFRα基因表達分析
　　實時熒光定量PCR分析表明，該基因在杜洛克豬的心、肝、脾、肺、腎、小腸和骨骼肌等臟器均有表達，其中脾臟表達量最高，腎臟、肺臟次之。該基因在不同部位骨骼?。ū饶眶~肌、岡土肌、股二頭肌、腰小肌、腓腸肌和眼?。┲斜磉_分析顯示，在以比目

6、魚肌為代表的慢肌中的表達要極顯著高于在以眼肌為代表的快肌中的表達(P＜0.01)。比較不同生長階段PDGFRα基因的表達發(fā)現(xiàn)，初生階段表達量極顯著高于斷奶和成年階段(P＜0.01)。比較品種間的表達差異發(fā)現(xiàn)，金華豬在不同肌肉（眼肌、比目魚肌、岡上肌、股二頭肌、腰小?。┲械谋磉_要極顯著高于杜洛克和大約克豬(P＜0.01)。而在腓腸肌中金華豬的表達要顯著高于大約克豬。
　　本研究獲得豬PDGFRα基因cDNA全長、不同品種中的多態(tài)性、