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文檔簡介
1、嗜酸氧化亞鐵硫桿菌(Acidithiobacillus ferrooxidans;At.Ferrooxidans)是生物冶金工業(yè)中十分重要的一種細(xì)菌。它是一種嗜酸的,需氧的,化能自養(yǎng)的,γ型蛋白質(zhì)細(xì)菌,它的能量來源是通過氧化亞鐵或氧化還原性無機(jī)硫,最適pH為1.8-2.2。
NRAMP(natural resistance-associated macrophage protein)家族的功能是轉(zhuǎn)運(yùn)金屬離子,從細(xì)菌到人都發(fā)
2、現(xiàn)NRAMP的存在。在At.Ferrooxidans中,有兩個(gè)NRAMP成員,它們是AFE_2126和AFE_2920。本文首先通過測序At.ferrooxidans DC和At.ferrooxidans DY15兩株菌的AFE_2126和AFE_2920基因,通過序列比對(duì)發(fā)現(xiàn)At.ferrooxidansDC的AFE_2126基因與標(biāo)準(zhǔn)菌At.ferrooxidans ATCC23270的AFE_2126基因序列完全相同,而At.fe
3、rrooxidans DY15菌的AFE_2126基因序列與標(biāo)準(zhǔn)菌At.ferrooxida ATCC23270菌的AFE_2126基因序列相比,有7處堿基位點(diǎn)發(fā)生了突變,但由于氨基酸的簡并性,只有一個(gè)氨基酸位點(diǎn)發(fā)生了突變(T48),由蘇氨酸(T48,At.ferrooxidans DC)突變成蛋氨酸(M48,At.ferrooxidans DY15);At.ferrooxidans DC的AFE_2920基因與標(biāo)準(zhǔn)菌At.ferroo
4、xidansATCC23270的AFE_2920基因序列完全相同,At.ferrooxidans DY15的AFE_2920基因序列與標(biāo)準(zhǔn)菌At.ferrooxidans ATCC23270的AFE_2920基因序列相比有12處發(fā)生了突變,但由于氨基酸的簡并性,只有一個(gè)氨基酸位點(diǎn)發(fā)生了突變(A343),丙氨酸(A343,At.Ferrooxidans DC)突變成纈氨酸(V343,At.ferrooxidans DY15)。
5、 通過蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位(PSORTb v2.0 server),得知At.Ferrooxidans DC和At.ferrooxidans DY15的AFE_2126和AFE_2920蛋白質(zhì)均位于細(xì)胞質(zhì)膜上;通過跨膜分析(TMHMM v2.0 server),得知AFE_2126和AFE_2920蛋白質(zhì)均跨膜11次。
通過轉(zhuǎn)運(yùn)基序分析(Motif Scan server)得知At.ferrooxidans DC和At.fe
6、rrooxidans DY15的AFE_2126和AFE_2920的NRAMP保守轉(zhuǎn)運(yùn)基序分別為5'-QVIASIFMPAAMLFLLMLLNDREIMGSYVNRR-3'和5'-IITAAQSGAQWGFKLLLLQFVLMPILYIVQELTVRLGIFTGK-3'。
通過PCR和測序得到At.ferrooxidans DC的7個(gè)候選內(nèi)參基因的序列和大小為AFE_2121(map,810 bp),AFE_275(gmk
7、,639 bp),AFE_2714(rplL,387 bp),AFE_2150(gvrA,2538 bp),AFE_2114(recA,1038 bp),AFE_1680(era,915 bp),AFE_2711(rpoC,4155 bp)。通過序列比對(duì)發(fā)現(xiàn),這7條序列與標(biāo)準(zhǔn)菌At.ferrooxidans ATCC23270的ATE_2121(map),AFE_2475(gmk),AFE_2714(rplL),AFE_2150(gyr
8、A),AFE_2114(recA),AFE_1680(era),AFE_2711(rpoC)的序列完全相同。
用RT-qPCR(the Reverse Transcription fluorescence-basedquantitative real-time PCR)分析了At.ferrooxidans DC菌在6個(gè)不同培養(yǎng)條件下的7個(gè)候選內(nèi)參基因的轉(zhuǎn)錄水平,用geNorm評(píng)估了7個(gè)候選內(nèi)參基因mRNA的轉(zhuǎn)錄穩(wěn)定性,轉(zhuǎn)錄
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