因子蛋白的網(wǎng)絡(luò)模型.pdf

1、近年來復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究已經(jīng)成為當(dāng)前研究的一個熱門。研究表明：真實(shí)世界中的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)有很多共同特征：小世界性、無標(biāo)度性、社團(tuán)結(jié)構(gòu)以及網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)和功能關(guān)系等。網(wǎng)絡(luò)由頂點(diǎn)和邊組成。以網(wǎng)絡(luò)的方式出現(xiàn)的系統(tǒng)到處可見，如Internet、社會網(wǎng)絡(luò)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、交通網(wǎng)絡(luò)、鐵路網(wǎng)絡(luò)，還有很多其它類型的網(wǎng)絡(luò)。我們?nèi)梭w內(nèi)免疫系統(tǒng)也是個復(fù)雜的系統(tǒng)，其中因子蛋白之間的調(diào)控關(guān)系是網(wǎng)狀的，從數(shù)學(xué)、非線性的角度已有相關(guān)的研究，但其中的結(jié)構(gòu)和功能特性還未能完全闡述清楚，所以我

2、們對其復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)和功能關(guān)系進(jìn)行了研究。目前關(guān)于網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和功能之間關(guān)系的研究工作也很多，基于前面的分析，本文提出了利用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)度相關(guān)性需求獲取和集群系數(shù)相關(guān)性需求獲取的方法，以因子蛋白網(wǎng)絡(luò)為例，詳細(xì)分析了這兩種方法并用類似于因子蛋白雙層網(wǎng)絡(luò)的交通網(wǎng)絡(luò)作實(shí)證對比。主要內(nèi)容如下：
　　 (1)對復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的相關(guān)知識和形式化B方法、UML作了簡單地介紹。
　　 (2)介紹了因子蛋白網(wǎng)絡(luò)的度-度相關(guān)特性以及一些統(tǒng)計(jì)結(jié)果，并用中國

3、大陸鐵路網(wǎng)絡(luò)、北京公交網(wǎng)絡(luò)、杭州公交網(wǎng)絡(luò)以及揚(yáng)州公交網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行對比。
　　 (3)介紹了因子蛋白網(wǎng)絡(luò)的集群系數(shù)相關(guān)特性以及一些統(tǒng)計(jì)結(jié)果，同樣也利用中國大陸鐵路網(wǎng)絡(luò)、北京公交網(wǎng)絡(luò)、杭州公交網(wǎng)絡(luò)以及揚(yáng)州公交網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行對比。同時，我們還推導(dǎo)了類似“物理基礎(chǔ)設(shè)施”的物理層和類似“交通流”的功能層度-度相關(guān)性和集群系數(shù)相關(guān)性之間的關(guān)系。
　　 基于M.Kurant和P.Thiran(Phys.Rev.Lett.96(2006)1387

4、01 andPhys.Rev.E76(2007)026103)的雙層描述，我們分析的是普通站點(diǎn)的“物理基礎(chǔ)設(shè)施層”“交通流層”的度和集群系數(shù)的功能關(guān)系。我們實(shí)證統(tǒng)計(jì)了中國大陸鐵路網(wǎng)和3個公交網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果較好地反映了它們之間的關(guān)系。該工作表明，物理基礎(chǔ)組織和交通流之間存在一般拓?fù)潢P(guān)系，因此，我們設(shè)計(jì)這樣的多層系統(tǒng)是合理的。
　　 最后我們從面向?qū)ο蠓治龅慕嵌冉⒘艘蜃拥鞍拙W(wǎng)絡(luò)的對象模型、功能模型以及用例模型來分析該因子蛋白網(wǎng)絡(luò)。緊接