因子蛋白的網絡模型.pdf

1、近年來復雜網絡研究已經成為當前研究的一個熱門。研究表明：真實世界中的復雜網絡有很多共同特征：小世界性、無標度性、社團結構以及網絡的結構和功能關系等。網絡由頂點和邊組成。以網絡的方式出現的系統(tǒng)到處可見，如Internet、社會網絡、神經網絡、交通網絡、鐵路網絡，還有很多其它類型的網絡。我們人體內免疫系統(tǒng)也是個復雜的系統(tǒng)，其中因子蛋白之間的調控關系是網狀的，從數學、非線性的角度已有相關的研究，但其中的結構和功能特性還未能完全闡述清楚，所以我

2、們對其復雜網絡的結構和功能關系進行了研究。目前關于網絡結構和功能之間關系的研究工作也很多，基于前面的分析，本文提出了利用復雜網絡度相關性需求獲取和集群系數相關性需求獲取的方法，以因子蛋白網絡為例，詳細分析了這兩種方法并用類似于因子蛋白雙層網絡的交通網絡作實證對比。主要內容如下：
　　 (1)對復雜網絡的相關知識和形式化B方法、UML作了簡單地介紹。
　　 (2)介紹了因子蛋白網絡的度-度相關特性以及一些統(tǒng)計結果，并用中國

3、大陸鐵路網絡、北京公交網絡、杭州公交網絡以及揚州公交網絡進行對比。
　　 (3)介紹了因子蛋白網絡的集群系數相關特性以及一些統(tǒng)計結果，同樣也利用中國大陸鐵路網絡、北京公交網絡、杭州公交網絡以及揚州公交網絡進行對比。同時，我們還推導了類似“物理基礎設施”的物理層和類似“交通流”的功能層度-度相關性和集群系數相關性之間的關系。
　　 基于M.Kurant和P.Thiran(Phys.Rev.Lett.96(2006)1387

4、01 andPhys.Rev.E76(2007)026103)的雙層描述，我們分析的是普通站點的“物理基礎設施層”“交通流層”的度和集群系數的功能關系。我們實證統(tǒng)計了中國大陸鐵路網和3個公交網絡。結果較好地反映了它們之間的關系。該工作表明，物理基礎組織和交通流之間存在一般拓撲關系，因此，我們設計這樣的多層系統(tǒng)是合理的。
　　 最后我們從面向對象分析的角度建立了因子蛋白網絡的對象模型、功能模型以及用例模型來分析該因子蛋白網絡。緊接