利用基因表達(dá)值的相對(duì)秩序關(guān)系識(shí)別肝癌的早期診斷特征.pdf

1、肝細(xì)胞癌是最常見和惡性程度最高的癌癥之一，目前已經(jīng)成為我國第二大癌癥殺手。盡管80％以上的肝癌都是由肝硬化發(fā)展而來的，目前并沒有在肝硬化人群中診斷出早期肝癌有效的方法，這也是導(dǎo)致肝癌高死亡率的主要因素。當(dāng)肝癌腫瘤較小，影像學(xué)方法無法判斷，或者血清中甲胎蛋白的含量沒有出現(xiàn)顯著升高時(shí)，需要利用超聲引導(dǎo)經(jīng)皮穿刺活檢組織學(xué)檢查來進(jìn)行確診?；诨虮磉_(dá)譜數(shù)據(jù)識(shí)別鑒別肝癌與肝硬化的特征具有實(shí)際意義。目前已經(jīng)發(fā)展了許多構(gòu)建肝癌診斷分類器的算法如隨機(jī)森

2、林、邏輯回歸模型等。但是，在一組數(shù)據(jù)集中訓(xùn)練的分類器往往很難在其它來源的樣本中保持較好的分類準(zhǔn)確率。為了應(yīng)對(duì)基因表達(dá)譜檢測(cè)的批次效對(duì)肝癌和肝硬化分類效果的影響，本文利用基因表達(dá)值的相對(duì)秩序關(guān)系的方法提取兩組可以鑒別肝硬化與肝癌的基因表達(dá)分類標(biāo)志物。本文首先提取了與肝硬化惡化為肝癌過程相關(guān)的差異表達(dá)基因，并分析了肝硬化惡化為肝癌過程中受到擾動(dòng)的功能類，發(fā)現(xiàn)42個(gè)與這一過程顯著相關(guān)的GO節(jié)點(diǎn)。包括“細(xì)胞周期”、“細(xì)胞增殖”、“細(xì)胞分裂”、“

3、DNA復(fù)制”等?？紤]到“細(xì)胞周期”GO節(jié)點(diǎn)在肝癌發(fā)生過程的重要作用，利用K-TSP算法提取與細(xì)胞周期相關(guān)的鑒別肝癌與肝硬化的分類器。該分類器可以準(zhǔn)確地對(duì)來自多個(gè)平臺(tái)、不同實(shí)驗(yàn)室的肝癌和肝硬化的組織數(shù)據(jù)進(jìn)行分類。另一方面，當(dāng)肝癌病灶小時(shí)，臨床上活檢取樣經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)由于未取到癌組織而漏檢的情況。為了解決這一難題，本文提取了可以有效區(qū)分癌旁肝硬化和非癌旁肝硬化的基因表達(dá)標(biāo)志。利用基因表達(dá)值相對(duì)秩逆轉(zhuǎn)的算法提取了9對(duì)基因組成的分類器，該分類器可以