鮑曼不動(dòng)桿菌主要多糖抗原合成基因簇的生物信息分析及分子血清分型策略的建立.pdf

1、不動(dòng)桿菌是一種廣為人知的具有多重抗藥性(MDR)的細(xì)菌。它可以引起眾多部位的感染，尤其是發(fā)生在醫(yī)院術(shù)后病人身上的感染。同時(shí)，在自然界的水體和土壤中還存在著一些非致病性種類，它們被認(rèn)為與一些土壤中的復(fù)雜基質(zhì)降解有關(guān)。本研究的主要目的就是通過(guò)對(duì)鮑曼不動(dòng)桿菌的主要多糖合成基因簇進(jìn)行DNA測(cè)序，并將其與1990年建立的基于血清學(xué)的分型方法的血清型分型對(duì)應(yīng)起來(lái)，從而更好地了解鮑曼不動(dòng)桿菌的表面多糖合成基因在DNA序列水平上的多樣性并能夠建立起一套

2、基于DNA序列和PCR技術(shù)的分子血清分型技術(shù)和策略。利用第二代高通量測(cè)序平臺(tái)Illumina Genome Analyser IIx對(duì)前27種血清型的菌株進(jìn)行了全基因組草圖的測(cè)序，獲得了這些菌株的基因組序列。對(duì)這些序列進(jìn)行拼接注釋等分析工作后，確定了25種多糖基因簇序列。在這中間，有12個(gè)表面多糖的化學(xué)結(jié)構(gòu)是已知的，而相應(yīng)的基因簇的功能也大部分都與其結(jié)構(gòu)相對(duì)應(yīng)。在這些基因簇中，總共有53個(gè)不同的糖基轉(zhuǎn)移酶基因，對(duì)其進(jìn)行功能預(yù)測(cè)后發(fā)現(xiàn)，7

3、個(gè)菌株中的糖基轉(zhuǎn)移酶基因可以與相應(yīng)的糖苷鍵對(duì)應(yīng)。為了能夠從DNA序列水平對(duì)不同的血清型進(jìn)行鑒定和分類，設(shè)計(jì)了25對(duì)引物用于通過(guò)PCR或者微陣列技術(shù)來(lái)區(qū)分這25個(gè)血清型。通過(guò)對(duì)從Genbank上下載的190株不動(dòng)桿菌基因組序列進(jìn)行了分析，其中76個(gè)菌株屬于這25個(gè)血清型。在其余的114菌株中，又找到了52個(gè)新的基因簇，它們擁有不同的wzy基因和不同的基因組成。另外，在總的217株菌中，最初的25個(gè)血清型總共包含了98株鮑曼不動(dòng)桿菌(Aci

4、netobacter baumannii)和5株醫(yī)院不動(dòng)桿菌(Acinetobacternosocomialis)。然而，來(lái)自12個(gè)種的32株菌株都具有新的基因簇序列。在世界上不動(dòng)桿菌的三個(gè)主要克隆中，歐洲克隆Ⅰ(ECⅠ)中找到了25種中的一種，歐洲克?、?ECⅡ)中找到了25種中的兩種，而歐洲克隆Ⅲ(ECⅢ)全是新類型。這些現(xiàn)象表明在不動(dòng)桿菌中表面多糖在DNA水平具有高度的序列特異性，并且因此可以利用這種特性建立一套分子血清分型方法。