基于小分子結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)可能作用受體方法研究.pdf

1、小分子直接作用受體的預(yù)測(cè)在藥物設(shè)計(jì)、化學(xué)生物學(xué)等領(lǐng)域有著重要應(yīng)用價(jià)值。傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)測(cè)定獲得了不同蛋白質(zhì)作用受體的大量配體活性數(shù)據(jù)，被收集在歐洲生物信息學(xué)中心ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)和其它數(shù)據(jù)庫(kù)中，如BindingDB和PubChem。但在計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)和研究小分子對(duì)生物網(wǎng)絡(luò)通路的調(diào)控作用等工作中，經(jīng)常遇到未有實(shí)驗(yàn)報(bào)道的小分子和作用受體信息；基于知識(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)的機(jī)器學(xué)習(xí)方法可用來(lái)快速預(yù)測(cè)小分子作用受體，聚焦研究重點(diǎn)，提高研發(fā)效率。
　　有研究

2、表明銀蓮花素A、毛蘭素、卡瓦胡椒素A/B/C能有效抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)。對(duì)銀蓮花素A、毛蘭素、卡瓦胡椒素 A/B/C進(jìn)行結(jié)構(gòu)相似性檢索和子結(jié)構(gòu)檢索，篩選出的小分子化合物按照作用受體分為作用受體類，對(duì)每個(gè)作用受體類的分子數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)排序，視分子數(shù)量較多的為可能的作用受體。通過(guò)對(duì)預(yù)測(cè)的作用受體進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，這些預(yù)測(cè)的可能作用受體大多都是癌癥相關(guān)的作用受體。通過(guò)結(jié)構(gòu)相似性和子結(jié)構(gòu)檢索篩選統(tǒng)計(jì)的方法能較好的預(yù)測(cè)分子可能的作用受體。
　　根據(jù)作用

3、受體已知配體，采用樸素貝葉斯分類方法，建立基于分子指紋的預(yù)測(cè)模型。該模型應(yīng)用在DUD(Directory of Useful Decoys)數(shù)據(jù)集測(cè)試結(jié)果表明，大多數(shù)作用受體的真陽(yáng)性和真陰性預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率大多數(shù)要高于90％。PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)作為建模背景，DUD數(shù)據(jù)集各作用受體類的活性分子作為訓(xùn)練集的活性分子建立樸素貝葉斯分類模型，分類效果優(yōu)于DUD數(shù)據(jù)集建立的樸素貝葉斯分類模型。對(duì)DUD數(shù)據(jù)集中40個(gè)作用受體建立樸素貝葉斯分類模型并保存

4、，對(duì)DUD數(shù)據(jù)集中所有的活性分子進(jìn)行作用受體預(yù)測(cè)測(cè)試，DUD數(shù)據(jù)集40個(gè)作用受體類中有31作用受體類的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性大于80％，結(jié)果表明，DUD數(shù)據(jù)集中大多數(shù)作用受體類的活性分子都有很好的預(yù)測(cè)效果。
　　以PubChem數(shù)據(jù)庫(kù)建模背景，ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中ace類小分子化合物作為訓(xùn)練集的活性分子建立樸素貝葉斯分類模型能較好的將DUD數(shù)據(jù)集ace類的活性分子和非活性分子分開(kāi)。對(duì)ChEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)中所有分子按照它的作用受體分為作用受體類，