湖羊NPY基因單核苷酸多態(tài)性及其群體遺傳學分析.pdf

1、本研究利用生物信息學方法，克隆了神經(jīng)肽Y（Neuropeptide Y，NPY）的DNA序列，及NPY基因的PCR-SSCP檢測。通過湖羊（Hu sheep）NPY單核苷酸多態(tài)的群體遺傳學分析，和NPY單核苷酸多態(tài)性與早期生長性狀間的關(guān)聯(lián)分析，探討了NPYSNPs湖羊早期生長性狀相關(guān)分子標記的可能，以期為湖羊分子標記輔助育種提供一些依據(jù)。
　　 一、湖羊NPY基因的克隆及其生物信息學分析
　　 本研究對NPY的DNA序列

2、進行多物種比對后，針對多物種的保守區(qū)設(shè)計了3對用于綿羊NPY基因克隆的引物，最終得到全長6721bp湖羊NPY基因序列，該序列編碼97個氨基酸殘基的NPY蛋白，分子量為1.072KDa，等電點為7.88。湖羊NPY蛋白序列與綿羊NPY蛋白序列的同一性最高（98.97％），牛次之（97.94％）、順次為恒河猴（94.85％）、馬（93.81％）、人（92.78％）、犬（92.78％）、猩猩（91.75％）和小鼠（88.66％），推定的湖羊

3、NPY蛋白存在多個功能位點或功能基序，與目前研究獲得的NPY的生物學功能一致。
　　 二、湖羊NPYPCR-SSCP檢測及其單核苷酸多態(tài)的群體遺傳學分析
　　 試驗采用PCR-SSCP的方法對所克隆的湖羊NPY基因的全序列進行了SNPs檢測。試驗設(shè)計的23對引物中，在N10、N17、N20和N21這4對引物擴增序列中檢測到了多態(tài)，湖羊群體中各位點的突變均以野生型為主，其中SNPN10、SNPN17檢測到3種基因型，SNP

4、N20、SNPN21為2種基因型。除N10的插入或缺失突變外湖羊群體在各多態(tài)位點均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)（P>0.05），其中SNPN17的多態(tài)信息含量為0.2909，屬于中度多態(tài)。
　　 湖羊肉用系核心群和普通群體SNPs的基因頻率和基因型頻率x2檢測結(jié)果顯示，SNPN10、SNPN17的基因型頻率存在極顯著差異（P<0.01），且湖羊肉用系核心群體的SNPN10（缺失）、普通群體的SNP N17并未處于Ha