IGF-1基因在不同豬種群體中的遺傳多態(tài)性及遺傳效應(yīng)分析.pdf

1、本實驗以中外8個豬群共計325頭豬為研究材料，采用PCR-SSCP、基因序列測定和微衛(wèi)星檢測等方法分析了豬IGF-1基因的多態(tài)性分布，用分子生物學(xué)方法分析研究了各多態(tài)位點對基因所編碼蛋白的生物學(xué)影響，并對其進(jìn)行了群體遺傳學(xué)和統(tǒng)計學(xué)分析，同時進(jìn)行了各基因型多態(tài)性與肌內(nèi)脂肪含量等肉質(zhì)和胴體性狀的相關(guān)性分析。結(jié)果如下： 通過SSCP檢測和測序證實IGF-1基因外顯子內(nèi)共存在3處點突變，分別是位于第3外顯子內(nèi)的第201位核苷酸的G→A突

2、變和第4外顯子內(nèi)的第440、455位核苷酸的A→G和T→C突變。將存在多態(tài)性的外顯子不同純合基因型個體的核苷酸序列分別翻譯成氨基酸序列，然后進(jìn)行氨基酸序列的同源性比較，結(jié)果顯示所有檢測到的外顯子序列上堿基的多態(tài)性并沒有引起氨基酸序列的變化，說明這幾個外顯子上核苷酸序列的差異是遺傳密碼子的搖擺性所致，屬同義突變。在5’端側(cè)翼微衛(wèi)星位點上，通過測序共發(fā)現(xiàn)3種分別為(CA)<,17>、(CA)<,19>和(CA)<,21>的(CA)重復(fù)。

3、 外顯子3位點共出現(xiàn)AA、AB和BB 3種基因型，基因型分布表現(xiàn)出明顯的群體特征，基因型AA在外種豬中占絕對優(yōu)勢，BB基因型僅出現(xiàn)在藏豬、雅南豬和大河烏豬中。國外豬群具有更高的A等位基因頻率。在整個檢測群體中等位基因A、B的頻率分別為0.6508、0.3492，A為優(yōu)勢等位基因。該位點屬于中度多態(tài)位點(0.25

4、的頻率高于在國內(nèi)豬群中的頻率；基因型FF僅在藏豬和大河豬中被檢測到。等位基因E在除大河豬外的其它各群體中均為優(yōu)勢等位基因。該位點上等位基因E、F的頻率分別為0.9000和0.1000，E為優(yōu)勢等位基因。該位點屬于低度多態(tài)位點(PIC<0.25)，多態(tài)信息含量PIC值為0.1763。5’端側(cè)翼微衛(wèi)星位點上，共檢測到CC、DD、GG、CD、CG、DG6種基因型，等位基因。C、D、G的頻率分別為0.4405、0.4306和0.1289。該位點

5、屬于高度多態(tài)位點(PIC>0.5)，多態(tài)信息含量PIC值為0.6028。 X<'2>適合性檢驗顯示，供試的各群體在IGF-1基因的2個外顯子位點上除了長雅豬偏離哈溫(Hardy-Weinberg)平衡外，其余群體均處于平衡狀態(tài)。5’端側(cè)翼微衛(wèi)星位點上，只有藏豬和大河烏豬達(dá)到哈溫(Hardy-Weinberg)平衡，其它群體均偏離平衡狀態(tài)。 遺傳效應(yīng)分析發(fā)現(xiàn)，IGF-1基因外顯子3位點上的B等位基因具有提高肌內(nèi)脂肪含量和大

6、理石紋評分、減小肌纖維面積、降低失水率和瘦肉率的遺傳效應(yīng)。表現(xiàn)為BB基因型個體的肌內(nèi)脂肪含量顯著地高于基因型AB基因型個體，大理石紋評分顯著高于AA、AB基因型個體，失水率顯著低于AA、AB基因型個體；胴體性狀中，BB基因型個體的瘦肉率顯著低于AB基因型個體。此位點對脂肪酸和氨基酸組成沒有顯著影響。 IGF-1基因外顯子4位點上的F等位基因具有提高肌內(nèi)脂肪含量、減小肌纖維面積、降低失水率的遺傳效應(yīng)。表現(xiàn)為FF基因型個體的肌內(nèi)脂肪含量極顯

7、著地高于EE、EF基因型個體；EF基因型個體的肌纖維面積顯著小于EE基因型個體；EF基因型個體的失水率極顯著的低于EE基因型個體。 在5'端側(cè)翼微衛(wèi)星位點上，G等位基因具有提高肌內(nèi)脂肪含量的遺傳效應(yīng)。表現(xiàn)為GG基因型個體能肌肉中不飽和脂肪酸C18:3的含量顯著增加。DD基因型個體肌肉中His、Thr、Arg、Tyr、Phe、Lys、Leu的含量顯著增加。 最小二乘分析發(fā)現(xiàn)，IGF-1基因的AA-FF基因型組合具有較好的肉