生物大分子體系結(jié)合自由能及構(gòu)象變化的計(jì)算機(jī)模擬.pdf_第1頁(yè)
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1、在論文的第一部分,我們用雙湮滅方法計(jì)算了谷氨酰胺結(jié)合蛋白(GInBP)單體和底物GIn結(jié)合的絕對(duì)結(jié)合自由能.模擬得到的結(jié)果是-14.59 KcaI/moI,與實(shí)驗(yàn)值-8.025 Kcal/moI接近,并分析了雙湮滅方法的優(yōu)點(diǎn)和不足,并對(duì)該方法的改進(jìn)提出了一些建議.論文的第二部分工作是選擇了GInBP 體單和谷氨酰胺結(jié)合蛋白(GInBP-GIn)復(fù)合物體系為研究對(duì)象.使用GROMOS96程序及其力場(chǎng)分別進(jìn)行了600ps的MD模擬.通過(guò)兩個(gè)

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