銅綠假單胞菌噬菌體PaP1的基因組學(xué)研究-一種由EndonucleaseV介導(dǎo)的細菌免疫新機制的發(fā)現(xiàn)與證實-.pdf

1、 博 士 學(xué) 位 論 文 銅綠假單胞菌噬菌體 PaP1 的基因組學(xué)研究：一種由EndonucleaseV 介導(dǎo)的細菌免疫新機制的發(fā)現(xiàn)與證實* 盧曙光 指 導(dǎo) 教 師 胡福泉 教授 導(dǎo) 師 組 成 員 胡福泉 饒賢才 胡曉梅 譚銀玲 李 明 培 養(yǎng) 單 位 第三軍醫(yī)大學(xué)基礎(chǔ)部微生物學(xué)教研室 申 請 學(xué) 位 類 別 博士學(xué)術(shù)學(xué)位 專 業(yè) 名 稱 微生物學(xué) 論 文 提 交 日 期 2013 年 5 月 論文答辯日期

2、2013 年 5 月 答 辯 委 員 會 主 席 金守光 金守光 評 閱 人 鄒全明 張永軍 潘 衛(wèi) 陳 力 夏金蘭 鄒全明 張永軍 潘 衛(wèi) 陳 力 夏金蘭 二〇一三年五月 *本課題受國家自然科學(xué)基金項目(31070153)資助。 分類號 分類號 Q933 密 級 公 開學(xué)開學(xué) 號 1002010124 學(xué)校代碼 學(xué)校代碼 90031 目 錄 縮略語表........

3、............................................................................................................................ 1 英文摘要.........................................................................................

4、........................................... 3 中文摘要.................................................................................................................................... 6 論文正文 銅綠假單胞菌噬菌體 PaP1 的基因組學(xué)研究： 一種由 E

5、ndonucleaseⅤ介導(dǎo)的細菌免疫新機制的發(fā)現(xiàn)與證實......................... 8 第一章 前 言............................................................................................................ 8 第二章 銅綠假單胞菌 PA1 及其噬菌體 PaP1 一般生物學(xué)特性的補充研究...

6、........ 10 2.1 銅綠假單胞菌 PA1 的一般生物學(xué)特性 ........................................................ 10 2.2 噬菌體 PaP1 的一般生物學(xué)特性................................................................... 16 第三章 噬菌體 PaP1 基因組的測序與末端的鑒定....

7、................................................ 25 3.1 噬菌體 PaP1 的基因組測序........................................................................... 25 3.2 噬菌體 PaP1 基因組末端位置的推定.............................................

8、.............. 29 3.3 噬菌體 PaP1 基因組末端冗余的鑒定........................................................... 35 第四章 噬菌體 PaP1 的基因組學(xué)研究：建立 PaP1 樣噬菌體新屬 ......................... 42 4.1 噬菌體 PaP1 基因組一般特征的分析.........................

9、.................................. 42 4.2 噬菌體 PaP1 基因組的注釋........................................................................... 48 4.3 基于序列的分類學(xué)研究：建立 PaP1 樣噬菌體新屬................................... 62 第五章 噬菌體 PaP1

10、結(jié)構(gòu)蛋白的 SDS-PAGE 及質(zhì)譜鑒定....................................... 74 5.1 噬菌體 PaP1 結(jié)構(gòu)蛋白的 SDS-PAGE........................................................... 74 5.2 噬菌體 PaP1 結(jié)構(gòu)蛋白的質(zhì)譜鑒定...........................................

11、.................... 80 第六章 噬菌體 PaP1 難測序之解：發(fā)現(xiàn) EndoⅤ介導(dǎo)的細菌免疫新機制 .............. 87 6.1 噬菌體 PaP1 基因組“鳥槍法”測序失敗及其原因推斷............................... 87 6.2 噬菌體 PaP1 基因組 DNA 的 EndoⅤ酶切實驗.......................................

12、.... 93 6.3 大腸桿菌 DH5α EndoⅤ編碼基因（nfi）的敲除 ........................................ 98 6.4 使用 DH5α Δnfi 作為宿主菌重新對 PaP1 進行“鳥槍法”測序.................. 107 6.5 噬菌體 PaP1 基因組 DNA 中稀有堿基的鑒定.........................................