鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體AB1的生物學(xué)特性及其基因組學(xué)的研究.pdf

1、隨著致病菌對(duì)大多數(shù)抗生素產(chǎn)生抗性的出現(xiàn)，細(xì)菌的耐藥性已成為現(xiàn)代醫(yī)學(xué)中的一個(gè)非常嚴(yán)峻的問(wèn)題，由于噬菌體對(duì)細(xì)菌具有高度專一性，當(dāng)噬菌體侵染細(xì)菌時(shí)，可在細(xì)菌中繁殖并殺死細(xì)菌，而對(duì)動(dòng)植物沒(méi)有毒性，因此，噬菌體以其特有的自然特征有望成為較好的抗菌制劑，作為一種新興的治療方法，已經(jīng)越來(lái)越受到人們的關(guān)注，對(duì)噬菌體展開廣泛和深入的研究具有重要的基礎(chǔ)意義和潛在的臨床應(yīng)用價(jià)值。
　　 本研究從海洋沉積物中分離出一株鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體(命名為AB1)

2、，首先探討其生物學(xué)特性，然后進(jìn)行基因組測(cè)序，并對(duì)基因組進(jìn)行初步注釋與分析。研究?jī)?nèi)容及其結(jié)果主要包括以下幾個(gè)方面：
　　 1．鮑曼不動(dòng)桿菌噬菌體AB1生物學(xué)特性的研究，①電鏡觀察發(fā)現(xiàn)，AB1呈復(fù)合對(duì)稱型，頭部呈球形，尾部呈絲狀，故屬于有尾噬菌體；②噬菌體核酸限制性酶切圖譜表明噬菌體AB1的核酸為雙鏈DNA，粗略估計(jì)其基因組大小約為在35-48kb之間，含EcoRⅠ和HindⅢ酶切位點(diǎn)；③噬菌體衣殼蛋白分析表明噬菌體顆粒至少含有10

3、個(gè)衣殼蛋白，其中46．3kD、、37．2 kD、33．1kD、26．7kD蛋白是噬菌體的主要衣殼蛋白；④AB1感染其宿主菌鮑曼不動(dòng)桿菌最佳感染復(fù)數(shù)是10-4；⑤生長(zhǎng)曲線顯示噬菌體感染宿主菌的潛伏時(shí)間為85分鐘，爆發(fā)時(shí)間為125分鐘，爆發(fā)量約為232；⑥在pH5-9的范圍內(nèi)噬菌體保持較好的裂解活性，在溫度50、60℃條件下，噬菌體AB1穩(wěn)定；⑦噬菌體宿主范圍測(cè)定顯示噬菌體AB1的宿主范圍狹窄。
　　 2．噬菌體AB1因組的生物信息

4、學(xué)分析以及基因功能的探討，AB1基因組是一條環(huán)狀的雙鏈DNA分子，全長(zhǎng)為45159bp，全基因組平均GC含量為37．7％，編碼85個(gè)蛋白質(zhì)基因，平均大小為531bpP，其中14個(gè)和己知功能的基因有顯著相似性，26個(gè)與數(shù)據(jù)庫(kù)中未知功能序列有顯著相似性，45個(gè)ORFs找不到同源序列；tRNA基因有1個(gè)，位于12920-12815bp，即ORF26和ORF27之間，所攜帶的反密碼子為GUA，識(shí)別酪氨酸(Tyr)密碼子UAC。通過(guò)blastp檢

5、索，在公共數(shù)據(jù)庫(kù)中找到了14個(gè)己知功能推定基因編碼產(chǎn)物的同源蛋白質(zhì)，可初步確定其功能，它們是：ORF基因52編碼解旋酶，ORF基因53編碼引物體，基因31和33分別編碼末端酶的大亞基和小亞基，基因27編碼頭部蛋白，基因76編碼產(chǎn)物是尾絲蛋白，基因9的產(chǎn)物是RNA聚合酶，基因56編碼甲基化酶，基因66編碼重組酶等等。進(jìn)而利用DNAStar軟件包中的MegAlign軟件對(duì)初步鑒定功能的基因編碼產(chǎn)物及其同源性蛋白質(zhì)進(jìn)行了多重比對(duì)并繪制了系統(tǒng)發(fā)