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![中國(guó)部分牛種線粒體基因多態(tài)性分析及其親緣關(guān)系研究.pdf_第1頁](https://static.zsdocx.com/FlexPaper/FileRoot/2019-3/1/8/95374f0a-201f-4d6a-8c82-865fcccf58cf/95374f0a-201f-4d6a-8c82-865fcccf58cf1.gif)
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1、本研究采用單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)方法并結(jié)合測(cè)序技術(shù)對(duì)11個(gè)中國(guó)地方黃牛品種、1個(gè)培育品種和3個(gè)引進(jìn)品種共15個(gè)品種526頭個(gè)體線粒體DNAD-loop序列和12SrRNA基因的多態(tài)性進(jìn)行研究,結(jié)果表明: 我國(guó)地方黃牛品種在線粒體DNAD-loop笫一高變區(qū)(HVl)的變異率較高,尤其是品種內(nèi)更高。通過SSCP方法顯示出6種單倍型,據(jù)此確定79個(gè)測(cè)序個(gè)體。測(cè)序結(jié)果共發(fā)現(xiàn)核苷酸多態(tài)位點(diǎn)94個(gè),約占總檢測(cè)位點(diǎn)的25.1%;其中簡(jiǎn)約
2、多態(tài)位點(diǎn)72個(gè),單一多態(tài)位點(diǎn)22個(gè)。用MEGA3.1對(duì)核苷酸變異類型進(jìn)行統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)換14次,顛換2次,并存在堿基插入/缺失。79條測(cè)序有56利單倍型,產(chǎn)生這么多變異位點(diǎn)主要是由復(fù)州牛41號(hào)和37號(hào)的突變?cè)斐傻摹?用MEGA3.1和Network4.1.1.2軟件對(duì)D-loop進(jìn)行親緣關(guān)系和系統(tǒng)進(jìn)化分析。系統(tǒng)進(jìn)化分析表明:這15個(gè)牛品種有瘤牛、普通牛和另外一種(由復(fù)州牛41和37號(hào)形成)組成的3種起源。與NCBI上牛種的序列比較
3、發(fā)現(xiàn)這第三種起源不同于奔騰牛、短角牛和牦牛。除了平武黃牛、安格斯、海福特和復(fù)州牛不含瘤牛血統(tǒng)之外,其它品種均在不同程度上含有瘤牛血液。用距離法構(gòu)建親緣關(guān)系:所有品種分為皰牛和普通牛兩大分支。其中,渤海黑牛首先與瘤牛聚為一個(gè)類群,其次再與大南陽牛、大別山牛聚在一類,說明渤海黑牛與瘤牛的關(guān)系更近,而其他牛品種則聚類到普通牛類群:國(guó)外品種日本黑牛、安格斯牛和海福特牛首先聚在一起,說明其關(guān)系較近;中國(guó)西門塔爾牛與蒙古牛、延邊牛三者首先聚在一起,
4、表明三者關(guān)系最近,造成這種結(jié)果可能是因?yàn)橹袊?guó)西門塔爾牛是與北方如內(nèi)蒙古、遼寧、黑龍江等地的黃牛品種雜交形成有關(guān)。其次,平武黃牛、復(fù)州牛、湘西黃牛、晉南牛、秦川牛和魯西牛都不同程度的聚在一起。湘西黃牛比較特別,因?yàn)閺耐庑慰?,湘西黃牛高聳的肩峰應(yīng)該更具有瘤牛的特性,而且根據(jù)以前的文獻(xiàn)報(bào)道南方黃牛所含有瘤牛的血統(tǒng)要更多一些,卻聚在普通牛類群中,說明其含有更多的普通牛血源。 15個(gè)品種的線粒體DNA12SrRNASSCP分析發(fā)現(xiàn)有4種多
5、態(tài)類型,其中Ⅰ和Ⅱ多態(tài)類型分布頻率較大,而Ⅲ和Ⅳ兩種類型出現(xiàn)頻率很低。測(cè)序結(jié)果與多態(tài)類型相對(duì)應(yīng)。復(fù)州牛41號(hào)和37號(hào)兩個(gè)個(gè)體產(chǎn)生的多態(tài)類型與其他類型序列相差較遠(yuǎn)。12SrRNA基因的平均多態(tài)信息含量(PIC)統(tǒng)計(jì)表明:中國(guó)黃牛品種PIC值在0.115~0.423之間,晉南牛最高為0.423,除了蒙古牛和延邊牛PIC小于0.25屬于低度多態(tài)外,其它中國(guó)地方牛種都屬于中度多態(tài)。引進(jìn)品種海福特、安格斯和日本黑牛的PIC均為0;而培育品種中國(guó)西
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